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趙紅霞鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
Gromacs 溶劑可及表面（SAS）的計算源代碼 已有1人參與
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我在MS里計算的軌跡想在VMD里算親水和疏水部分的溶劑可及表面（SAS） 現(xiàn)在遇到的問題是，在VMD里可以用measure sasa命令算整個分子的SAS，但是沒法算各個部分對于SAS的貢獻。就像gromacs里那樣。 所以，我想看下gromacs里如何實現(xiàn)這一過程，卻不知道在哪里查看源代碼，請各位熟悉gromacs的幫忙 另，在VMD里如何算出各個部分對于SAS的貢獻？ 或者誰知道如何將MS里的軌跡轉(zhuǎn)化為pdb格式，這樣我就可以在Gromacs里分析了。把xtd另存為pdb只能存當(dāng)前幀構(gòu)象，不是軌跡。 |
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趙紅霞
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4樓2015-09-21 09:22:37
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angjzy
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