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PCR擴(kuò)增結(jié)果有9個突變位點 已有3人參與
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我用的是地方豬的背最長肌的cDNA為模板，2?Taq MasterMix來擴(kuò)增的CDS區(qū)，目的片段1121bp，再連t載體最后菌液pcr后去測序，結(jié)果與ncbi上的原始序列比對后，發(fā)現(xiàn)了9個突變位點，是不是有點多�。� @biostar2009 @飛約瘋?cè)嗽?/u> @wizardfan @youlinglyw 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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4樓2016-11-09 18:06:03
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9樓2016-11-11 14:15:46
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西門吹雪170: 金幣+1, 鼓勵回帖交流 2016-11-11 07:16:31
西門吹雪170: 金幣+1, 鼓勵回帖交流 2016-11-11 07:16:31
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要看原始測序圖AB1文件，就算他給你判讀為txt文件了，你也要看，假如在兩端有突變是不準(zhǔn)確的，你要重新設(shè)計引物重新測那一段(末端) 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2016-11-09 17:59:31
5樓2016-11-09 19:01:16
6樓2016-11-10 14:06:23
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kuaile5420: 金幣+1, 歡迎發(fā)帖交流 2016-11-16 23:44:17
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kuaile5420: 金幣+1, 歡迎發(fā)帖交流 2016-11-16 23:44:17
| 不是相同樣品，如果基因也不是很保守的，序列有差異很正常。要排除就是選擇雙向測序，以及多測幾個樣本。上下兩條鏈測出來互補的，應(yīng)該就是測正確了，多次出現(xiàn)的，可以把偶然的突變看作的PCR造成的。測序結(jié)果做BLAST，找最相似的比對，不要只跟開始選擇來參考的比對。跟最相似的序列還有差異的，翻譯看看出來的氨基酸是什么，通常亮氨酸，異亮氨酸，纈氨酸等相似氨基酸突變對蛋白功能影響不大，發(fā)生幾率很大的，可以推測是樣本來源的這種豬帶有的突變，其他的氨基酸也看看是不是變成相似的。一般對這樣的突變無需理會，如果是表達(dá)活性蛋白，就先表達(dá)測定看看也可以。 |
7樓2016-11-11 00:31:36
aliaaxmu2016
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8樓2016-11-11 08:01:32
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