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——CODEHOP簡(jiǎn)并引物設(shè)計(jì)程序的疑惑
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想設(shè)計(jì)某未測(cè)序的線蟲CM基因的簡(jiǎn)并引物，從NCBI上下載了幾種其他線蟲的CM基因氨基酸序列，通過(guò)Block Maker搜保守區(qū)（其實(shí)我是沒弄會(huì)這個(gè)在線程序，所以通過(guò)DNAstar的Megalign by Clustal W method，再用Block Maker網(wǎng)址上Multiple Alignment Processor進(jìn)行做的）CODEHOP結(jié)果顯示“No suggested primers found.” 請(qǐng)問(wèn)會(huì)設(shè)計(jì)的朋友給點(diǎn)建議，該怎么辦？  |
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2樓2011-06-16 08:49:34
3樓2011-06-16 18:58:27
4樓2011-06-16 19:27:20
| 感謝分享 |
5樓2012-03-28 10:41:00
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請(qǐng)問(wèn)設(shè)計(jì)兼并 引物參考NDA序列還是氨基酸序列？因?yàn)槲覍⒖嫉膸讞lDNA序列進(jìn)行比對(duì)，發(fā)現(xiàn)在對(duì)應(yīng)的保守序列中對(duì)應(yīng)的氨基酸都是同一種密碼子決定的，如果引物中使用這種密碼子，兼并度會(huì)低很多，但如果將一條氨基酸序列輸入primer 5，再翻譯成DNA。這樣在保守區(qū)的設(shè)計(jì)的兼并引物兼并度很高。 我第一次設(shè)計(jì)兼并引物，實(shí)驗(yàn)室也沒人設(shè)計(jì)過(guò)，只是從網(wǎng)上看到一些教程學(xué)的。這個(gè)問(wèn)題一直困擾著我，還請(qǐng)大俠指教。 |
6樓2012-06-10 15:27:59
ample1007
銀蟲 (初入文壇)
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7樓2012-09-02 09:14:43
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8樓2012-09-02 09:16:04
9樓2012-12-02 16:35:36
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10樓2012-12-03 15:02:34
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