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luge611新蟲 (初入文壇)
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PCR擴(kuò)到了基因上下游片段卻擴(kuò)不到全長,懇請高手指點(diǎn)幫助
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PCR擴(kuò)增未知基因全長(從真菌cDNA中擴(kuò)) 已知該基因的保守區(qū),且通過PCR擴(kuò)到(假定設(shè)計(jì)的引物為F1,R1)。根據(jù)已報(bào)道同源基因設(shè)計(jì)的全長引物(假定為F2,R2),PCR得不到全長。嘗試了改變模板濃度、引物濃度,溫度梯度、touchdown PCR,均沒有擴(kuò)出。 最后,嘗試分別用F2和R1,F(xiàn)1和R2為引物(即兩對引物交叉使用,PCR條件基本合適),擴(kuò)到了基因的上下游片段,且上下游片段有500bp左右的重疊區(qū)。把兩個(gè)片段拼接后與同源基因比對,匹配度達(dá)到86%,根據(jù)拼接后的序列又重新設(shè)計(jì)了一對全長引物(F3,R3),結(jié)果PCR還是擴(kuò)不到。嘗試了改變PCR的各種條件,還是不行。 已經(jīng)分析,模板、酶、buffer都應(yīng)該沒問題(因?yàn)橛猛瑯訔l件兩個(gè)片段都擴(kuò)得到),引物用oligo分析也可以,退火溫度從低到高都試了,也做了touchdown可就是擴(kuò)不到。把兩個(gè)片段作為模板做PCR卻擴(kuò)得到。有可能是剛好擴(kuò)到了兩個(gè)基因的片段嗎?可比對了同屬真菌的同類基因沒有同源性這么高的。 不知道問題出在哪里,還請高手們給分析分析,支個(gè)招! |
至尊木蟲 (知名作家)
新蟲 (初入文壇)
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