 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1008 | 回復(fù): 2 | ||
[求助]
gromacs運行錯誤求解決方案
|
|
我用的是gromacs的martini立場，在做模擬的時候，出現(xiàn)下列的錯誤，------------------------------------------------------- Program mdrun_mpi, VERSION 4.0.7 Source code file: domdec_top.c, line: 341 Fatal error: 1 of the 16753 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.4 nm) or the two-body cut-off distance (1.4 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck ------------------------------------------------------- 我mdrun時是加入?yún)?shù)-rdd 1.4的，當(dāng)我將分子top文件中的二面角信息刪去時可以運行，但加上二面角信息后就出現(xiàn)上述錯誤，不知道是為什么，我試過editconf時將盒子加大可是不行，不知道為什么，求大家指點。謝謝大家！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
22408 344分 求調(diào)劑 一志愿 華電計算機技術(shù)
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料專碩英一數(shù)二306
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
南京大學(xué)化學(xué)376求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
南昌大學(xué)材料專碩311分求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
295求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿南昌大學(xué)，327分，材料與化工085600
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
294求調(diào)劑材料與化工專碩
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
308求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
一志愿中海洋材料工程專碩330分求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- gromacs運行問題
已經(jīng)有9人回復(fù)
- GROMACS運行出錯了，求助中
已經(jīng)有15人回復(fù)
- autodock與gromacs在Windows下的安裝
已經(jīng)有10人回復(fù)
- GROMACS運行完后的結(jié)果分析
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 這個錯誤警告怎么回事�。坎荒苓\行了
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 關(guān)于Runtime問題。
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 在WIN7下運行jade5.0錯誤解決方法
已經(jīng)有114人回復(fù)
- gromacs4.5.5安裝問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- gromacs編譯安裝
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【心得】Jade 6.5 win7運行錯誤的解決方法
已經(jīng)有28人回復(fù)
- gromacs安裝出錯求助
已經(jīng)有4人回復(fù)
- Gromacs動力學(xué)運行出錯
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 關(guān)于ms運行出現(xiàn)的錯誤，求大神指點
已經(jīng)有8人回復(fù)
- GROMACS安裝時總是出現(xiàn)configure: error: Unknown FFT library，請問是什么原因
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 請教GROMACS安裝
已經(jīng)有8人回復(fù)
- gromacs運行出錯，求方案，謝謝！��！
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 在gromacs中運行mdrun命令時出錯
已經(jīng)有10人回復(fù)
- gromacs運行出錯
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】這是我安裝gromacs過程，但是出錯阿，這個怎么辦呢？謝謝
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】此程序沒有錯誤，怎么運行不出來？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】求一個gromacs的中文教程，包括安裝的部分，小弟新手，從零學(xué)起
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】Gromacs 教程上speptide 運行不了
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】gaussian運行出現(xiàn)l103錯誤
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】NAMD安裝問題
已經(jīng)有19人回復(fù)
baozi0954
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 19.5
- 帖子: 6
- 在線: 31.2小時
- 蟲號: 4584713
- 注冊: 2016-04-13
- 專業(yè): 固體力學(xué)
2樓2016-05-27 20:25:10
sour1993
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 35
- 帖子: 17
- 在線: 6小時
- 蟲號: 3748736
- 注冊: 2015-03-18
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
3樓2016-06-03 17:17:53
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 wj925806 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料專碩英一數(shù)二306 +7 | z1z2z3879 2026-03-18 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +9 | 何潤采123 2026-03-18 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑求學(xué)校推薦 +3 | 伯樂29 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 323求調(diào)劑 +3 | 洼小桶 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +5 | lucky呀呀呀鴨 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿 西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +4 | 晨昏線與星海 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | eation27 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 能源材料化學(xué)課題組招收碩士研究生8-10名 +5 | 脫穎而出 2026-03-16 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 081700化工學(xué)碩調(diào)劑 +3 | 【1】 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 324分 085600材料化工求調(diào)劑 +3 | llllkkkhh 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 354求調(diào)劑 +4 | Tyoumou 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)工程321分求調(diào)劑 +15 | 大米飯！ 2026-03-15 | 18/900 |
|
|
|
[考研] 334求調(diào)劑 +3 | 志存高遠(yuǎn)意在機?/a> 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 277調(diào)劑 +5 | 自由煎餅果子 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +4 | 小賈同學(xué)123 2026-03-15 | 8/400 |
|
|
|
[考研]
 11408 一志愿西電，277分求調(diào)劑
+3
|
zhouzhen654 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[基金申請]
今年的國基金是打分制嗎？
 50+3
|
zhanghaozhu 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 070300化學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +6 | 太想進步了0608 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +3 | 劉夢微 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 297一志愿上交085600求調(diào)劑 +5 | 指尖八千里 2026-03-14 | 5/250 |
|