 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1009 | 回復: 2 | ||
[求助]
gromacs運行錯誤求解決方案
|
|
我用的是gromacs的martini立場，在做模擬的時候，出現(xiàn)下列的錯誤，------------------------------------------------------- Program mdrun_mpi, VERSION 4.0.7 Source code file: domdec_top.c, line: 341 Fatal error: 1 of the 16753 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.4 nm) or the two-body cut-off distance (1.4 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck ------------------------------------------------------- 我mdrun時是加入?yún)?shù)-rdd 1.4的，當我將分子top文件中的二面角信息刪去時可以運行，但加上二面角信息后就出現(xiàn)上述錯誤，不知道是為什么，我試過editconf時將盒子加大可是不行，不知道為什么，求大家指點。謝謝大家！ |
回復此樓» 猜你喜歡
【考研調(diào)劑】化學專業(yè) 281分，一志愿四川大學，誠心求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復
-
一志愿深大，0703化學，總分302，求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
材料學碩333求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
材料求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
333求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
求助
已經(jīng)有6人回復
-
278求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復
-
297求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復
-
0703化學297求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
材料學碩301分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- gromacs運行問題
已經(jīng)有9人回復
- GROMACS運行出錯了，求助中
已經(jīng)有15人回復
- autodock與gromacs在Windows下的安裝
已經(jīng)有10人回復
- GROMACS運行完后的結(jié)果分析
已經(jīng)有4人回復
- 這個錯誤警告怎么回事啊？不能運行了
已經(jīng)有5人回復
- 關(guān)于Runtime問題。
已經(jīng)有6人回復
- 在WIN7下運行jade5.0錯誤解決方法
已經(jīng)有114人回復
- gromacs4.5.5安裝問題
已經(jīng)有5人回復
- gromacs編譯安裝
已經(jīng)有11人回復
- 【心得】Jade 6.5 win7運行錯誤的解決方法
已經(jīng)有28人回復
- gromacs安裝出錯求助
已經(jīng)有4人回復
- Gromacs動力學運行出錯
已經(jīng)有4人回復
- 關(guān)于ms運行出現(xiàn)的錯誤，求大神指點
已經(jīng)有8人回復
- GROMACS安裝時總是出現(xiàn)configure: error: Unknown FFT library，請問是什么原因
已經(jīng)有9人回復
- 請教GROMACS安裝
已經(jīng)有8人回復
- gromacs運行出錯，求方案，謝謝！！！
已經(jīng)有6人回復
- 在gromacs中運行mdrun命令時出錯
已經(jīng)有10人回復
- gromacs運行出錯
已經(jīng)有3人回復
- 【求助】這是我安裝gromacs過程，但是出錯阿，這個怎么辦呢？謝謝
已經(jīng)有11人回復
- 【求助】此程序沒有錯誤，怎么運行不出來？
已經(jīng)有6人回復
- 【求助】求一個gromacs的中文教程，包括安裝的部分，小弟新手，從零學起
已經(jīng)有8人回復
- 【求助】Gromacs 教程上speptide 運行不了
已經(jīng)有7人回復
- 【求助】gaussian運行出現(xiàn)l103錯誤
已經(jīng)有8人回復
- 【求助】NAMD安裝問題
已經(jīng)有19人回復
2樓2016-05-27 20:25:10
3樓2016-06-03 17:17:53
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 wj925806 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +5 | 87639 2026-03-21 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | .m.. 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[基金申請]
學校已經(jīng)提交到NSFC，還能修改嗎？
 40+4
|
babangida 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +6 | Mqqqqqq 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 華東師范大學-071000生物學-293分-求調(diào)劑 +3 | 研究生何瑤明 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +6 | 曼殊2266 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料專碩英一數(shù)二306 +7 | z1z2z3879 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 323求調(diào)劑 +3 | 洼小桶 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 材料與化工 322求調(diào)劑
+4
|
然11 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 295材料求調(diào)劑，一志愿武漢理工085601專碩 +5 | Charlieyq 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料學求調(diào)劑 +4 | Stella_Yao 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工專碩調(diào)劑 +7 | heming3743 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程調(diào)劑 +9 | 大可digkids 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085410人工智能專碩317求調(diào)劑（0854都可以） +4 | xbxudjdn 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考博] 申博26年 +3 | 八6八68 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +11 | zjl的號 2026-03-16 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 考研化學學碩調(diào)劑，一志愿985 +4 | 張vvvv 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑 +4 | Du.11 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩274一志愿211求調(diào)劑 +6 | 薛云鵬 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[論文投稿] 有沒有大佬發(fā)小論文能帶我個二作 +3 | 增銳漏人 2026-03-17 | 4/200 |
|