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[求助]
gromacs運(yùn)行錯(cuò)誤求解決方案
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我用的是gromacs的martini立場(chǎng)，在做模擬的時(shí)候，出現(xiàn)下列的錯(cuò)誤，------------------------------------------------------- Program mdrun_mpi, VERSION 4.0.7 Source code file: domdec_top.c, line: 341 Fatal error: 1 of the 16753 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.4 nm) or the two-body cut-off distance (1.4 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck ------------------------------------------------------- 我mdrun時(shí)是加入?yún)?shù)-rdd 1.4的，當(dāng)我將分子top文件中的二面角信息刪去時(shí)可以運(yùn)行，但加上二面角信息后就出現(xiàn)上述錯(cuò)誤，不知道是為什么，我試過(guò)editconf時(shí)將盒子加大可是不行，不知道為什么，求大家指點(diǎn)。謝謝大家！ |
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sour1993
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2樓2016-05-27 20:25:10
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