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gromacs跑動(dòng)力學(xué)時(shí)，水分子的影響
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| 用gromacs跑動(dòng)力學(xué)，溶質(zhì)是帶一個(gè)正電荷的季銨鹽，加入反離子如F-, Cl-, Br-, 平衡后陰離子吸附在溶質(zhì)分子上；當(dāng)加入溶劑水以后，陰離子就擴(kuò)散到水相中了，而不能吸附到溶質(zhì)分子上�？戳艘幌码姾煞植�，TIP3P水分子（O -8.34, H 4.17, H 4.17），溶質(zhì)分子上的電荷的數(shù)值相對(duì)水的�。ù蠖际� -0.2, 0.2, -0.1, 0.1這樣的較小的數(shù)值）。這可能是導(dǎo)致陰離子被帶有較大靜電荷的水拉到水相中的原因。而我想做的恰恰是陰離子對(duì)溶質(zhì)構(gòu)型的影響，所以這個(gè)問題是我很傷腦筋，不知道該如何處理？曾想過改變水的電荷值，但據(jù)說水分子模型的電荷不能隨便改，改了就不是水了。請(qǐng)問各位大俠遇到這類問題該如何處理？謝謝！ |
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2樓2012-06-20 16:56:47
3樓2012-06-20 19:37:33
 喔~ |
4樓2012-06-21 08:38:49
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