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[求助]
引物設(shè)計區(qū)域選擇問題
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我設(shè)計兼并引物。多序列比對發(fā)現(xiàn)三個保守區(qū)。一個在中上游，一個在中游，一個在下游末。我準(zhǔn)備選中上游和下游末分別設(shè)計上下游引物。但老師說選中游設(shè)計簡并引物就可以了。有經(jīng)驗的朋友能告訴我我該選哪個保守區(qū)設(shè)計引物嗎？設(shè)計多少對比較好？用來擴(kuò)增未知基因保守區(qū)。 [ Last edited by 1949stone on 2012-8-20 at 07:49 ] |
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7樓2012-08-24 16:16:07
心強(qiáng)我強(qiáng)
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2樓2012-08-19 14:44:22
3樓2012-08-20 00:36:18
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設(shè)計簡并引物至少需要上下游各有一個保守區(qū)域，且兩個保守區(qū)域相距50～ 400個aa為宜，使得pcr產(chǎn)物在150~1200bp之間，最重要的是每一個保守區(qū)域至少有6個aa殘基，因為每條引物至少18bp左右。若比對結(jié)果保守性不是很強(qiáng)很可能找不到6個aa的保守區(qū)域，這時可以根據(jù)物種的親緣關(guān)系，選擇親緣相近的物種進(jìn)行二次比對，若保守性仍達(dá)不到要求，則需進(jìn)行三次比對�？傊�，究竟要選多少序列來比對，要根據(jù)前一次比對的結(jié)果反復(fù)調(diào)整。最終目的就是有兩個6個aa且兩者間距離合適的保守區(qū)域。 |
4樓2012-08-20 17:32:12
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