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hubei989木蟲 (正式寫手)
酵父菌
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[求助]
引物特異性驗(yàn)證
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最近準(zhǔn)備做熒光定量PCR。已經(jīng)設(shè)計(jì)了引物，想請(qǐng)問下怎么驗(yàn)證引物的特異性哇？ 用該引物進(jìn)行PCR，然后對(duì)其產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序比對(duì)可不可以呢？ 萬分感謝哇~ |
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eagles123
金蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
hubei989: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝哈~擔(dān)心副產(chǎn)物和目標(biāo)產(chǎn)物大小差不多~ 2013-03-14 11:25:08
laozuzunzhe: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流應(yīng)助！ 2013-03-14 15:21:00
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
hubei989: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝哈~擔(dān)心副產(chǎn)物和目標(biāo)產(chǎn)物大小差不多~ 2013-03-14 11:25:08
laozuzunzhe: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流應(yīng)助！ 2013-03-14 15:21:00
| 可以，都不一定要測(cè)序 PCR后跑膠如果只有單一條帶 且大小和你的目標(biāo)產(chǎn)物大小一樣 基本就可以確認(rèn)了。 當(dāng)然 要保險(xiǎn)起見 測(cè)序也行 |
2樓2013-03-13 18:55:08
soarrow
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
laozuzunzhe: 金幣+2, 鼓勵(lì)應(yīng)助！ 2013-03-14 15:21:36
hubei989: 金幣+5, ★★★很有幫助, 現(xiàn)在正在做的就是你說的第一條，在做克隆測(cè)序。還有個(gè)問題，如果我只做理論驗(yàn)證不做實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，會(huì)不會(huì)不嚴(yán)謹(jǐn)�。浚颖容^多，許多都是未知菌，不好選取同源性相近的菌）） 2013-03-14 15:23:42
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hubei989: 金幣+5, ★★★很有幫助, 現(xiàn)在正在做的就是你說的第一條，在做克隆測(cè)序。還有個(gè)問題，如果我只做理論驗(yàn)證不做實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，會(huì)不會(huì)不嚴(yán)謹(jǐn)�。浚颖容^多，許多都是未知菌，不好選取同源性相近的菌）） 2013-03-14 15:23:42
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1. 可以在NCBI上面進(jìn)行Blast，看看有沒有目的基因以外的高同源性序列，這是理論驗(yàn)證； 2. 實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證就是拿引物去做特異性驗(yàn)證---拿檢測(cè)目標(biāo)的核酸以及與目標(biāo)同源性相近的其它核酸進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。 補(bǔ)充樓上的，如果對(duì)產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序驗(yàn)證---Realtime PCR產(chǎn)物一般都比較小，100bp左右，PCR產(chǎn)物基本沒法直接送公司回收測(cè)序，這個(gè)得做克隆測(cè)序。 |
3樓2013-03-14 12:52:36
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