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weizhi111至尊木蟲 (正式寫手)
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[求助]
HIS標(biāo)簽的蛋白不掛柱,求助
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蛋白表達(dá)純化與檢測(cè) |

至尊木蟲 (正式寫手)
鐵桿木蟲 (正式寫手)
至尊木蟲 (正式寫手)
專家顧問 (知名作家)
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專家經(jīng)驗(yàn): +218 |
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我今天剛錄入好,回答別人的一個(gè)類似問題,順便貼在此處,以供參考。 目的蛋白沒有掛在親和柱上,可能有四種情況,原因與解決方法如下: 第一種情況:目的蛋白的(His)6標(biāo)簽在重折疊時(shí)沒有位于蛋白質(zhì)分子的表面上,或者由于臨近的空間的一個(gè)或者多個(gè)氨基酸的空間位阻阻礙了(His)6與Ni形成螯合的共價(jià)鍵。但是一般情況下,帶有(組氨酸)6標(biāo)簽的蛋白質(zhì)與樹脂的結(jié)合并不需要蛋白質(zhì)具有任何功能型結(jié)構(gòu),即使存在強(qiáng)變性試劑存在時(shí)也如此。 不過可能比較少的時(shí)候蛋白質(zhì)的折疊形態(tài)發(fā)生了改變會(huì)隱藏(組氨酸)6標(biāo)簽,而使得蛋白質(zhì)無法掛柱。這與存在強(qiáng)變性試劑時(shí)(組氨酸)6標(biāo)簽無法隱藏并不矛盾,因?yàn)橛袕?qiáng)變性試劑時(shí)蛋白質(zhì)的肽鏈一般呈伸展?fàn)顟B(tài),而(組氨酸)6親水性強(qiáng),且有一定剛性,所以其結(jié)和Ni形成螯合的共價(jià)鍵不會(huì)有太大的空間位阻。但是如果(組氨酸)6被包括在蛋白質(zhì)分子之中,那則另當(dāng)別論了。這樣的包裹(組氨酸)6不是不可能形成。 因?yàn)楸犬吘乖谝患?jí)結(jié)構(gòu)上加了(組氨酸)6標(biāo)簽,一般構(gòu)建時(shí)除了在(組氨酸)6與目的蛋白質(zhì)之間留有凝血酶等酶切位點(diǎn)外,適當(dāng)?shù)倪要留下幾個(gè)親水的氨基酸殘基的空檔,以免影響目的蛋白質(zhì)的正常折疊。因?yàn)楦鶕?jù)蛋白質(zhì)折疊的拼圖”模型(Jigsaw model):組成蛋白質(zhì)的絕大多數(shù)氨基酸決定其折疊,替換其中的少數(shù)(≤5%)的氨基酸殘基,蛋白質(zhì)折疊形成的最終構(gòu)象不會(huì)發(fā)生改變 Jigsaw model可能有三種敘述: a. 每一種蛋白質(zhì)可以有不同的折疊路徑,2003年S. Giant 等.報(bào)道:Cytochrome C551有平行的折疊路徑。 b.組成蛋白質(zhì)的絕大多數(shù)氨基酸決定其折疊,替換其中的少數(shù)(≤5%)的氨基酸殘基,蛋白質(zhì)折疊形成的最終構(gòu)象不會(huì)發(fā)生改變。 c.組成蛋白質(zhì)的氨基酸中那些處于疏水核中的氨基酸殘基,與其鄰近的其他的氨基酸殘基的電荷相互作用和空間楔合,對(duì)于蛋白質(zhì)的折疊和構(gòu)象穩(wěn)定性起到了決定性作用。第二種情況:你用buffer不適合目的蛋白的(His)6與Ni形成螯合的共價(jià)鍵。 第二種情況是溶液環(huán)境的影響了蛋白質(zhì)的折疊形態(tài),使得目的蛋白的(His)6標(biāo)簽在折疊時(shí)沒有位于蛋白質(zhì)分子的表面上。影響因素:如pH,離子強(qiáng)度,其他蛋白質(zhì)分子,緩沖溶液類型,有關(guān)影響蛋白質(zhì)分子表面的試劑等。 以上兩種情況的解決方法:增加所提的蛋白質(zhì)樣品的溶解度,樓主可考慮一下:比如適量增加變性試劑濃度或類型使得蛋白質(zhì)的肽鏈松散開暴露出(組氨酸)6標(biāo)簽。另外,還可以加大離子型、非離子型或兩性離子表面活性劑的濃度或類型,加大DTT濃度(DTT濃度<1mmol/L,否則DTT會(huì)與Ni2+結(jié)合),適當(dāng)調(diào)整調(diào)高鹽濃度(氯化鈉溶液低于2mol/L,從低濃度到高濃度逐漸分梯度上升),總之,作用就是增加蛋白質(zhì)的可溶性,因?yàn)椋ńM氨酸)6的親水性較強(qiáng),增加可溶性之后(組氨酸)6容易暴露在水相。加大DTT濃度也可以切斷二硫鍵使得蛋白質(zhì)的肽鏈松散,進(jìn)而使(組氨酸)6容易暴露在水相。 第三種情況,有比鄰的組氨酸的污染蛋白質(zhì)與Ni-NTA柱結(jié)合,而使得帶有(His)6標(biāo)簽的目的蛋白沒有了結(jié)合位點(diǎn)。第三種情況的解決方法:通過降低洗脫液pH值使得His質(zhì)子化而使得污染蛋白質(zhì)從層析住上被洗脫,一般有比鄰的組氨酸的污染蛋白質(zhì)不太可能有(His)6的序列,所以逐漸降低洗脫液pH值時(shí),比鄰的組氨酸的污染蛋白質(zhì)會(huì)先被洗脫,而帶有(His)6標(biāo)簽的目的蛋白會(huì)后被洗脫下來。即使這樣估計(jì)錯(cuò)了,但是至少我們能夠確定:有(His)6的序列的目的蛋白質(zhì)與不帶有有(His)6的序列的污染蛋白質(zhì)被洗脫下來的pH值肯定不一樣,所以可以多分些pH值洗脫,對(duì)應(yīng)不同的洗脫峰我們總可以得到目的蛋白質(zhì)。如果污染蛋白質(zhì)含量大,而目的蛋白質(zhì)含量小,可以分別將收集的洗脫產(chǎn)物再次過柱,當(dāng)然要鑒定那個(gè)樣品才是目的蛋白質(zhì),只要用那一批樣品再次過柱。 第四種可能,一些蛋白質(zhì)或DNA與帶有(His)6標(biāo)簽的目的蛋白發(fā)生了非特異性相互作用,而使得帶有(His)6標(biāo)簽的目的蛋白因?yàn)榭臻g位阻或(His)6標(biāo)簽被遮蓋而無法與Ni-NTA柱結(jié)合。這是可以用低濃度的去污劑(濃度不大于2%的Triton X-100或濃度不大于0.5%SDS)洗滌樣品(上樣洗脫時(shí));增加洗脫液的鹽濃度(氯化鈉溶液低于2mol/L);上樣液里加入30%-50%的甘油,已減弱疏水相互作用。 |
至尊木蟲 (正式寫手)
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