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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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帥帥@

金蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 生物信息學(xué)

[求助] AMBER關(guān)于MD過程固定蛋白分子中心的參數(shù)設(shè)置問題

本人用Pmemd做分子動力學(xué)模擬，可能是起初in文件并未設(shè)置固定蛋白中心參數(shù)的原因，在隨后跑的過程中蛋白分子的部分區(qū)域跑出水盒。由于周期邊界條件設(shè)置跑出水盒的部分又從另一側(cè)出現(xiàn)，因此在對C@進(jìn)行RMSD分析的圖譜出簇升簇降現(xiàn)象，翻看Amber Tool說明發(fā)現(xiàn)RMSD分析有將蛋白固定中心的center語句，所以重新對軌跡進(jìn)行RMSD分析時在導(dǎo)入軌跡后特意加上了：

center @CA mass origin
image origin center

兩句但是RMSD分析數(shù)值和未加以上兩句并未發(fā)生變化，圖譜依舊出簇升簇降。請問是我的center語句相關(guān)參數(shù)設(shè)置不太恰當(dāng)仍可通過分析時加上固定中心的語句彌補軌跡的缺陷，還是這條軌跡就直接不能用了需要重新跑？如果重新跑設(shè)置什么語句可以在MD過程中不跑出邊界？

謝謝！

回復(fù)此樓

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相信自己，路就在腳下！

1樓 2013-04-06 10:43:39

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

lccbat

金蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 理論和計算化學(xué)

【答案】應(yīng)助回帖

★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
帥帥@: 金幣+1, ★有幫助, 用處不是很大，但是還是非常感謝。。。 2013-04-08 13:32:47

1 CA RMSD 曲線有波動很正常，波動的范圍比較重要，對于一個較短的軌跡，應(yīng)該波動幅度不大
2 center和image命令對RMSD沒有影響

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2013-04-06 20:37:00

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