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[求助]
AMBER關于MD過程固定蛋白分子中心的參數(shù)設置問題
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本人用Pmemd做分子動力學模擬，可能是起初in文件并未設置固定蛋白中心參數(shù)的原因，在隨后跑的過程中蛋白分子的部分區(qū)域跑出水盒。由于周期邊界條件設置跑出水盒的部分又從另一側出現(xiàn)，因此在對C@進行RMSD分析的圖譜出簇升簇降現(xiàn)象，翻看Amber Tool說明發(fā)現(xiàn)RMSD分析有將蛋白固定中心的center語句，所以重新對軌跡進行RMSD分析時在導入軌跡后特意加上了： center @CA mass origin image origin center 兩句但是RMSD分析數(shù)值和未加以上兩句并未發(fā)生變化，圖譜依舊出簇升簇降。請問是我的center語句相關參數(shù)設置不太恰當仍可通過分析時加上固定中心的語句彌補軌跡的缺陷，還是這條軌跡就直接不能用了需要重新跑？如果重新跑設置什么語句可以在MD過程中不跑出邊界？ 謝謝！ |
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2樓2013-04-06 20:37:00
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