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[求助]
跪求幫忙設(shè)計(jì)個(gè)熒光定量PCR的引物
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求大哥、大姐、大叔、大嬸幫個(gè)忙啊，我自己設(shè)計(jì)了一天也沒找到好的 ，后面做熒光定量呢？希望既能授之以魚，又能授之以漁（比較好的漁  ）。 |
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2013-07-05 17:40:26, 8.03 K
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2樓2013-07-06 15:41:09
西瓜
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這種事情都是自己做的啦。 什么條件都不說，就扔了一堆字母上來，有點(diǎn)懶了吧。這樣別人也幫不了你啊。 最最最關(guān)鍵的是，樓主不是MM  So，騷年，自力更生吧  熒光定量PCR引物設(shè)計(jì)跟普通PCR差不多，特殊要求你可以看看takara的一個(gè)產(chǎn)品說明書，第10頁的引物設(shè)計(jì)說明： http://www.takara.com.cn/explain/F/DRR066A.pdf |
3樓2013-07-06 17:44:54
gyesang
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617004340: 回帖置頂 2013-11-19 09:04:49
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617004340: 回帖置頂 2013-11-19 09:04:49
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1. 先確定序列的種屬： NCBI blast顯示是雞的acetyl-CoA carboxylase beta (ACACB), mRNA序列 2. 查找雞的ACACB基因的基因組序列（有幾個(gè)網(wǎng)站都可以下載，NCBI，UCSC，Ensembl），因?yàn)閝RCR引物需要跨內(nèi)含子設(shè)計(jì)以避免基因組DNA污染的影響 3. 設(shè)計(jì)引物： 遵循引物設(shè)計(jì)一般原則： 找到這樣一對(duì)引物（下劃線序列）： 紅色為外顯子，小寫字母為內(nèi)含子序列 Forward primer:TGACTTCCTACACTCACTGGAG (5'--3') Reverse primer:TGACATACGTGGTCAAGGACTG (5'--3') 產(chǎn)物長(zhǎng)度為：137bp 基因組序列長(zhǎng)度為：1208bp 4. 二聚體分析(oligo軟件) 同源異源二聚體情況都在可接受的范圍之內(nèi) 5. NCBI primer blast 檢驗(yàn)特異性 先看看mRNA的錯(cuò)配情況： 再看看基因組的錯(cuò)配情況： |
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2013-07-06 20:51:30, 22.55 K
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myprayer
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