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08406224新蟲 (小有名氣)
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[交流]
關(guān)于引物設(shè)計(jì)的問題 已有4人參與
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| 我在網(wǎng)上搜了下，都是講軟件的使用和引物設(shè)計(jì)的原則的，現(xiàn)在我有些基本的問題搞不清楚，想請(qǐng)教下大家。如果知道想擴(kuò)增的序列，還需要找到這段學(xué)列兩邊的序列才能設(shè)計(jì)出引物嗎？如果設(shè)計(jì)未知序列的引物又該怎么辦？我的目的是要設(shè)計(jì)一個(gè)基因的通用引物，具體做法是把這個(gè)基因的所有序列都下載下來，然后做比對(duì)，拿保守區(qū)域直接作為引物來用嗎？本人剛開始做的菜鳥，希望親們能詳細(xì)一些，不勝感激！ |
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liu2883508
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| 樓主如果是用未知序列沒法設(shè)計(jì)引物的，如果你做的材料不知道序列，可以用它的近緣的物種，如單子葉參考水稻，雙子葉參考擬南芥，或者參考模式植物的序列，如水稻，擬南芥，玉米，煙草等，不知道你的通用引物的目的是什么，如果只是擴(kuò)增全長(zhǎng)，就不在保守區(qū)域，如果是做表達(dá)，那就應(yīng)該也不在保守區(qū)域~應(yīng)該是該基因區(qū)別于其他所有基因的特異序列部分~ |
3樓2013-11-12 11:14:05
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5樓2013-11-12 14:45:23
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7樓2013-11-13 13:59:22
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8樓2013-11-13 15:09:19
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9樓2013-11-14 15:35:01
liu2883508
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gyesang: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2013-11-14 23:16:25
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樓主要做哪些物種的，如果是是同一個(gè)基因，你可以先在NCBI網(wǎng)站下載到所有序列，然后用http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/這個(gè)在線軟件分析保守區(qū)域，然后在保守區(qū)域設(shè)計(jì)引物就行 |
10樓2013-11-14 15:35:37
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