落絮無(wú)聲

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[求助] 公司返回DNA雙向測(cè)序結(jié)果要怎么分析已有3人參與

選用的兩種引物是F-357和R-518，測(cè)序結(jié)果分別是：
F357方向是：
ACCGTATCATGGGGGCACCCTGATGGAGCACGCCGCGTGCAGGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACTGCTTTTATTTGTGAGGAATATGACGGTAACAAATGAATAAGGGTCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATA
R518方向是：
GTGGACGACTTATTCTTTGTTACCGTCATATTCCTCACAAATAAAAGCAGTTTACAACCCGAAGGCCTTCATCCTGCACGCGGCGTTGCTCCATCAGGGTTGCCCCCATTGTGGAAGATTCCTCACTGCTGCCTCCCGTAGGATTA
請(qǐng)問(wèn)用DNAMAN該如何分析，我是新手，請(qǐng)各位高手詳細(xì)給講一下，謝謝

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1樓 2014-01-13 16:42:19

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gyesang

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落絮無(wú)聲(kx444555代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2014-02-21 09:57:20

你確定這是雙向測(cè)序后的全部序列？還是你自己過(guò)濾后的
請(qǐng)告知你的序列是如何獲得的，模板序列是否已知等基本序列信息，好可進(jìn)一步幫你分析

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2樓2014-01-13 16:53:36

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落絮無(wú)聲

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引用回帖:

2樓: Originally posted by gyesang at 2014-01-13 16:53:36
你確定這是雙向測(cè)序后的全部序列？還是你自己過(guò)濾后的
請(qǐng)告知你的序列是如何獲得的，模板序列是否已知等基本序列信息，好可進(jìn)一步幫你分析

對(duì)，這就是雙向測(cè)序的結(jié)果，是測(cè)序公司直接反饋的結(jié)果，我沒有過(guò)濾，我的長(zhǎng)度大約在200bp左右

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3樓2014-01-13 16:59:08

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gyesang

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引用回帖:

3樓: Originally posted by 落絮無(wú)聲 at 2014-01-13 16:59:08
對(duì)，這就是雙向測(cè)序的結(jié)果，是測(cè)序公司直接反饋的結(jié)果，我沒有過(guò)濾，我的長(zhǎng)度大約在200bp左右...

將正反向的測(cè)序結(jié)果進(jìn)行比對(duì)：
CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment

1             -----------------ACCGT-----ATC-------ATGGGGGCA-CCCTGATGGAGCA 30
2             TAATCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATCTTCCACAATGGGGGCAACCCTGATGGAGCA 60
                              * **    ***    ********* *************

1             -CGCCGCGTGCAGGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACTGCTTTTATTTGTGAGGAATATG 89
2             ACGCCGCGTGCAGGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACTGCTTTTATTTGTGAGGAATATG 120
               ***********************************************************

1             ACGGTAACAAATGAATAAGGGTCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATA 143
2             ACGGTAACAAA-GAATAA--GTCGTCCAC------------------------- 146
            *********** ******  **** * *

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4樓2014-01-13 17:07:53

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4樓: Originally posted by gyesang at 2014-01-13 17:07:53
將正反向的測(cè)序結(jié)果進(jìn)行比對(duì)：
CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment

1 -----------------ACCGT-----ATC-------ATGGGGGCA-CCCTGATGGAGCA 30
2 TAATCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGG ...

我想問(wèn)一下，DNA端部怎么沒有引物的序列呢，還有前40個(gè)峰效果不好，是不是應(yīng)該舍棄，怎么樣才能測(cè)通，我最后是不是應(yīng)該拿測(cè)通后的結(jié)果去基因庫(kù)比對(duì)呢

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5樓2014-01-13 17:16:02

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這么短的序列建議你連一下T載體，一個(gè)反應(yīng)就測(cè)全了。還保存了片段。測(cè)序也避免了前端序列不好。

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hehe

6樓2014-01-13 20:25:21

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引用回帖:

5樓: Originally posted by 落絮無(wú)聲 at 2014-01-13 17:16:02
我想問(wèn)一下，DNA端部怎么沒有引物的序列呢，還有前40個(gè)峰效果不好，是不是應(yīng)該舍棄，怎么樣才能測(cè)通，我最后是不是應(yīng)該拿測(cè)通后的結(jié)果去基因庫(kù)比對(duì)呢...

你是PCR產(chǎn)物然后用你PCR時(shí)的引物測(cè)序的么？這樣的話，是正常的，一般測(cè)序前50-100個(gè)堿基的信號(hào)比較亂，測(cè)不出，樓上說(shuō)的是對(duì)的，將產(chǎn)物克隆進(jìn)T載體后再進(jìn)行測(cè)序

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7樓2014-01-13 20:47:54

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中丘子

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kx444555: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2014-02-21 09:57:41

同意樓上的意見，將產(chǎn)物克隆進(jìn)T載體后再進(jìn)行測(cè)序，這樣就會(huì)好很多了

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8樓2014-02-21 08:55:53

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