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monazhou001新蟲 (初入文壇)
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熒光定量PCR數(shù)據(jù)處理——SD值及方差分析 已有1人參與
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熒光定量PCR的數(shù)據(jù) 我的實(shí)驗(yàn)中有五種處理方法，每種方法三個生物學(xué)重復(fù)，每個生物學(xué)重復(fù)又在做熒光定量的時候做了三組復(fù)孔 1.三個重復(fù)處理順序問題： 在做數(shù)據(jù)處理的時候應(yīng)該是將三個生物學(xué)重復(fù)的內(nèi)參CT做平均，目的基因CT做平均，然后整體做ΔCT 和SD，再做ΔΔCT 還是應(yīng)該每個生物學(xué)重復(fù)先自己做ΔCT，得到三個ΔCT以后，再做平均，求三個ΔCT的SD值？這兩種算法SD值不太相同。。 2.另外我的三個生物學(xué)重復(fù)之間重復(fù)性不好，處理明明是一樣的，都在一個盆子里種的，這樣應(yīng)該怎么分析，應(yīng)該剔除么？SD值很大很大。。如果不剔除發(fā)文章應(yīng)該如何分析，能過么？ 3.方差分析應(yīng)該如何做？雖然做了三個生物學(xué)重復(fù)，可每種處理的ΔΔCT不是只有一個么，那2^(-ΔΔCT)只有一個怎么判斷五種處理的差異顯著性呢？ 4.之前曾經(jīng)做了另一個實(shí)驗(yàn)，是兩種處理方法，11個不同品種，做熒光定量，因?yàn)闃悠泛芏�，采用了混樣法，就是只做了三次技術(shù)重復(fù)，并未做生物學(xué)重復(fù)，用實(shí)驗(yàn)組和對照組相對表達(dá)量2倍以上的算作了顯著，這樣如果發(fā)文章的話，能過么？老師讓發(fā)plos one |
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atlanticwi
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
monazhou001(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2014-03-15 10:45:40
monazhou001: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-03-24 13:03:48
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monazhou001: 金幣+5, ★★★很有幫助 2014-03-24 13:03:48
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..... 1. 內(nèi)參的變動理應(yīng)該變動不大，正確的算法是Sample減去平均后的內(nèi)參，會得到三個deltaCT，這個自然有自己的SD 2. 生物學(xué)重復(fù)的誤差大就是實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)問題，或者沒有注意到細(xì)節(jié)，包括光照差異，處理時間等等。你可以剔除一個大離群值，做兩個生物學(xué)重復(fù)也是可以的（我個人認(rèn)為........） 3. 統(tǒng)計(jì)學(xué)不是這么用的，我個人認(rèn)為，你要用ANOVA就必須上重復(fù)實(shí)驗(yàn)，而不是拿生物學(xué)重復(fù)之間做比較，這是概念混淆。 4. 我毫不客氣地說：個人認(rèn)為你這種做法純粹是糊弄人，什么叫只做技術(shù)重復(fù)，技術(shù)重復(fù)能說明什么生物學(xué)問題？這只是看操作誤差。你靠這種方式把SD Bar拉小，然后說明處理、樣品間有差異，木有任何意義。 個人看法，如有說錯請高手指點(diǎn)。 |
2樓2014-03-14 22:23:43
monazhou001
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4樓2014-03-20 16:32:57
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6樓2016-02-18 20:43:02
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