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monazhou001新蟲 (初入文壇)
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熒光定量PCR數(shù)據(jù)處理——SD值及方差分析 已有1人參與
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熒光定量PCR的數(shù)據(jù) 我的實驗中有五種處理方法，每種方法三個生物學重復，每個生物學重復又在做熒光定量的時候做了三組復孔 1.三個重復處理順序問題： 在做數(shù)據(jù)處理的時候應該是將三個生物學重復的內(nèi)參CT做平均，目的基因CT做平均，然后整體做ΔCT 和SD，再做ΔΔCT 還是應該每個生物學重復先自己做ΔCT，得到三個ΔCT以后，再做平均，求三個ΔCT的SD值？這兩種算法SD值不太相同。。 2.另外我的三個生物學重復之間重復性不好，處理明明是一樣的，都在一個盆子里種的，這樣應該怎么分析，應該剔除么？SD值很大很大。。如果不剔除發(fā)文章應該如何分析，能過么？ 3.方差分析應該如何做？雖然做了三個生物學重復，可每種處理的ΔΔCT不是只有一個么，那2^(-ΔΔCT)只有一個怎么判斷五種處理的差異顯著性呢？ 4.之前曾經(jīng)做了另一個實驗，是兩種處理方法，11個不同品種，做熒光定量，因為樣品很多，采用了混樣法，就是只做了三次技術重復，并未做生物學重復，用實驗組和對照組相對表達量2倍以上的算作了顯著，這樣如果發(fā)文章的話，能過么？老師讓發(fā)plos one |
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【答案】應助回帖
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monazhou001(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2014-03-15 10:45:40
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..... 1. 內(nèi)參的變動理應該變動不大，正確的算法是Sample減去平均后的內(nèi)參，會得到三個deltaCT，這個自然有自己的SD 2. 生物學重復的誤差大就是實驗設計問題，或者沒有注意到細節(jié)，包括光照差異，處理時間等等。你可以剔除一個大離群值，做兩個生物學重復也是可以的（我個人認為........） 3. 統(tǒng)計學不是這么用的，我個人認為，你要用ANOVA就必須上重復實驗，而不是拿生物學重復之間做比較，這是概念混淆。 4. 我毫不客氣地說：個人認為你這種做法純粹是糊弄人，什么叫只做技術重復，技術重復能說明什么生物學問題？這只是看操作誤差。你靠這種方式把SD Bar拉小，然后說明處理、樣品間有差異，木有任何意義。 個人看法，如有說錯請高手指點。 |
2樓2014-03-14 22:23:43
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6樓2016-02-18 20:43:02
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