 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 3803 | 回復(fù): 12 | ||||
葵cc_木蟲 (小有名氣)
|
[求助]
表面體系的結(jié)構(gòu)優(yōu)化 已有3人參與
|
|||
|
各位前輩，本人剛接觸VASP，現(xiàn)在想用它來計(jì)算表面體系，ENCUT、K-mesh、SIGMA都優(yōu)化好了，接下來想進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化。 看了侯老師的教程，關(guān)于表面體系的結(jié)構(gòu)優(yōu)化這一塊，候老師寫到“在對(duì)表面體系的結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化時(shí)，主要是對(duì)原子的位置進(jìn)行優(yōu)化，而不再對(duì)原胞（Slab模型得到的）大小進(jìn)行優(yōu)化，一般采用的是Selective Dynamics（也就是有選擇性的位置弛豫）�！� 我計(jì)算的體系是2x2x3的超胞，對(duì)照侯老師的教程進(jìn)行了Selective Dynamics，計(jì)算結(jié)果出現(xiàn)ZBRENT: fatal error in bracketing please rerun with smaller EDIFF, or copy CONTCAR to POSCAR and continue，重新設(shè)置之后也沒有什么效果。 問題： （1）表面體系的結(jié)構(gòu)優(yōu)化具體是怎么做的？有經(jīng)驗(yàn)的前輩能分享一下你們的例子嗎？包括具體的步驟和設(shè)置，不勝感激~~~~ （2）不需要優(yōu)化晶格常數(shù)，而需要優(yōu)化原子位置又是為什么？ （3）像以上的Selective Dynamics有選擇性的位置弛豫，又是怎么判斷該體系的原子已經(jīng)弛豫到了最佳位置。 謝謝~~~ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 表面 | 光催化及vasp計(jì)算 |
» 猜你喜歡
請(qǐng)問共同通訊和共同一作的認(rèn)可度問題
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
285求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿山東大學(xué)，085600，344
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿北京科技材料科學(xué)與工程288分，求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
280求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
315求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
26考研調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
求調(diào)劑22408 288分
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 這樣的優(yōu)化問題有哪些方法可以做？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- vasp可以做體系激發(fā)態(tài)的結(jié)構(gòu)優(yōu)化和計(jì)算嗎？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 表面吸附體系的結(jié)構(gòu)優(yōu)化（弛豫）無法收斂 求分析求指導(dǎo)！
已經(jīng)有5人回復(fù)
- Pwscf 固定原子（表面體系）算聲子譜
已經(jīng)有4人回復(fù)
- MS Discover 動(dòng)力學(xué)求助
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 如何用VASP計(jì)算體系的介電常數(shù)
已經(jīng)有24人回復(fù)
- 收斂測(cè)試和結(jié)構(gòu)優(yōu)化
已經(jīng)有10人回復(fù)
- vasp表面計(jì)算的結(jié)構(gòu)優(yōu)化問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- vasp表面計(jì)算的結(jié)構(gòu)優(yōu)化問題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 請(qǐng)教一下那款免費(fèi)軟件的結(jié)構(gòu)優(yōu)化功能比較好用？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 計(jì)算Cl-在Fe表面吸附問題時(shí)體系加電荷方法
已經(jīng)有27人回復(fù)
- 兩個(gè)表面之間作用能或原子吸附能的計(jì)算疑惑
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【活動(dòng)or資源】vasp晶體結(jié)構(gòu)優(yōu)化
已經(jīng)有142人回復(fù)
- 【求助】金紅石結(jié)構(gòu)TiO2（110）表面體系能帶結(jié)構(gòu)計(jì)算得到的結(jié)果只有一半
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助完畢】vasp-slab-邊界附近原子頂位吸附小分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化很難收斂嗎？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】結(jié)構(gòu)優(yōu)化時(shí)如何將原子位置固定在原胞內(nèi)
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【原創(chuàng)】關(guān)于結(jié)構(gòu)弛豫設(shè)置及收斂判據(jù)選擇的一點(diǎn)體會(huì)
已經(jīng)有140人回復(fù)
- 【求助】請(qǐng)教分子動(dòng)力學(xué)模擬
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】如何用VASP 計(jì)算體系的表面能
已經(jīng)有11人回復(fù)
jpchou
專家顧問 (著名寫手)
-
專家經(jīng)驗(yàn): +20 - 1ST強(qiáng)帖: 5
- 應(yīng)助: 231 (大學(xué)生)
- 金幣: 2342
- 散金: 4367
- 紅花: 103
- 帖子: 1061
- 在線: 757.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 585915
- 注冊(cè): 2008-08-08
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
- 管轄: 第一性原理
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
葵cc_: 金幣+5, ★有幫助 2014-04-25 10:32:06
fzx2008: 金幣+5, 謝謝指導(dǎo)！辛苦了 2014-04-28 19:22:39
葵cc_: 金幣+5, ★有幫助 2014-04-25 10:32:06
fzx2008: 金幣+5, 謝謝指導(dǎo)！辛苦了 2014-04-28 19:22:39
|
我想~應(yīng)該是對(duì)於 POSCAR 內(nèi)容無法與所學(xué)的固態(tài)物理無法對(duì)應(yīng) 才造成迷惑 POSCAR內(nèi)主要分成三個(gè)部份 第二行可以當(dāng)成是 lattice constant --> A 第三~五行是 lattice vector --> VA "Direct" 這個(gè)關(guān)鍵字以下所有內(nèi)容都是 atomic position --> p 無論分子(molecule, cluster) or 表面(surface) or 塊材(bulk)系統(tǒng) ~ 皆是由這三個(gè)參數(shù)所組成 所以每顆原子在 cartesian coordinate 座標(biāo)可簡(jiǎn)單寫成 A*VA*p 以上，都與固態(tài)所學(xué)是相對(duì)應(yīng)的 你所謂的 "對(duì)原胞大小進(jìn)行優(yōu)化" 計(jì)算中主要控制參數(shù)就是INCAR內(nèi)中的 ISIF=3 而 "在對(duì)表面體系的結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化時(shí)，主要是對(duì)原子的位置進(jìn)行優(yōu)化" 對(duì)應(yīng)的就是計(jì)算中 INCAR 內(nèi)的參數(shù) ISIF=2 請(qǐng)仔細(xì)讀 ISIF 參數(shù)說明 http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/guide/node112.html 簡(jiǎn)單說 ISIF 就是控制計(jì)算過程中 VA & p 是否允許變化(或是說，是否固定) 所謂的結(jié)構(gòu)優(yōu)化就是優(yōu)化這兩個(gè)參數(shù) ISIF=3 是 VA & p 都允許優(yōu)化 而 ISIF=2 是 VA 固定， p 允許優(yōu)化 塊材系統(tǒng)使用 ISIF=3 我想你應(yīng)該是可以理解 但~ 可不可以用 ISIF=2 呢? 答案是可以的，這個(gè)我也猜想你應(yīng)該是知道的，所以就不詳述 表面系統(tǒng) (由原子與真空組成，真空層大多數(shù)會(huì)使用約 10 A) 一般~ 學(xué)習(xí)過程都會(huì)教你對(duì)於真空系統(tǒng)，就是用 ISIF=2 也就是只有 p 允許優(yōu)化 但~ 可不可以跟塊材一樣，使用 ISIF=3 去優(yōu)化呢? 計(jì)算上~當(dāng)然是可以的 如果你計(jì)算資源夠多，時(shí)間上也很空閒的話，你可以試試看用 ISIF=3 去優(yōu)化真空層約 10A 的表面結(jié)構(gòu) 你就會(huì)發(fā)現(xiàn) 你的真空層會(huì)一直被吃掉 原本 10A 的真空，一直算一直算，可能會(huì)變成 7~8 A 你再把 7~8 A 的 CONTCAR 拿?砝^續(xù)算下去~ VASP 還是會(huì)乖乖的一直算一直算~然後可能真空變成 5 A 若是在努力的算下去，最後表面系統(tǒng)可能就會(huì)變回成塊材 理由很簡(jiǎn)單 這是因?yàn)?VASP 計(jì)算中，結(jié)構(gòu)是週期性的呈現(xiàn) 建構(gòu) 10 A 真空的表面系統(tǒng) 對(duì)表面系統(tǒng)而言 其頭上與腳下距離 10A 的地方都有一個(gè)長(zhǎng)的跟它一樣的表面存在著 週期表內(nèi)所有元素都是傾向變成塊材 (塊材一定比表面穩(wěn)定) 所以這樣的計(jì)算最後一定回到塊材態(tài) 這就是為什麼 "在對(duì)表面體系的結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化時(shí)，主要是對(duì)原子的位置進(jìn)行優(yōu)化" 其中一個(gè)原因 |
4樓2014-04-25 02:26:28
mywai520
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 339 (大學(xué)生)
- 金幣: 10425.6
- 紅花: 45
- 帖子: 1664
- 在線: 296.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 265142
- 注冊(cè): 2006-07-09
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
3樓2014-04-24 23:59:39
2樓2014-04-24 17:04:03
5樓2014-04-25 09:26:52
mywai520
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 339 (大學(xué)生)
- 金幣: 10425.6
- 紅花: 45
- 帖子: 1664
- 在線: 296.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 265142
- 注冊(cè): 2006-07-09
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
6樓2014-04-25 09:33:22
7樓2014-04-25 09:44:04
mywai520
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 339 (大學(xué)生)
- 金幣: 10425.6
- 紅花: 45
- 帖子: 1664
- 在線: 296.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 265142
- 注冊(cè): 2006-07-09
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
8樓2014-04-25 10:04:51
9樓2014-04-25 10:15:04
mywai520
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 339 (大學(xué)生)
- 金幣: 10425.6
- 紅花: 45
- 帖子: 1664
- 在線: 296.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 265142
- 注冊(cè): 2006-07-09
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
10樓2014-04-25 10:44:59
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 葵cc_ 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[基金申請(qǐng)]
請(qǐng)問共同通訊和共同一作的認(rèn)可度問題
 10+4
|
psa1234 2026-04-01 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 環(huán)境工程297分求調(diào)劑一志愿杭高院 +12 | GENJIOW 2026-03-31 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 085600 295分求調(diào)劑 +16 | W55j 2026-03-30 | 19/950 |
|
|
|
[考研] 材料專業(yè)求調(diào)劑 +10 | 月月鳥木 2026-04-01 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿廈門大學(xué)材料工程專碩354找調(diào)劑！�。� +7 | 貝唄鋇鋇 2026-03-30 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 296材料專碩求調(diào)劑 +9 | 202451007219 2026-04-02 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 材料工程322分 +8 | 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-01 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 085900土木水利336分求調(diào)劑 +4 | Zhangjiangj 2026-03-31 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑0702 +3 | 梅子味晚霞 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +11 | AZMK 2026-04-01 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 307分求調(diào)劑 +14 | (o~o) 2026-03-31 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | 圖鑒212 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 262求調(diào)劑 +9 | 勵(lì)志一定發(fā)文章 2026-03-31 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 08工科，295，接受跨專業(yè)調(diào)劑 +6 | lmnlzy 2026-03-31 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿華南師范361分，化學(xué)求調(diào)劑 +4 | Nicole88888 2026-04-01 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 生物學(xué) 377分 +6 | zzll03 2026-03-31 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 277跪求調(diào)劑 +8 | 1915668 2026-03-27 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +7 | 青春裁為三截 2026-03-29 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +10 | 張zz111 2026-03-27 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 086000生物與醫(yī)藥調(diào)劑 +5 | Feisty。 2026-03-28 | 9/450 |
|