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追邃2015

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[求助] 請問我的菌落PCR測序產(chǎn)物目的片段是什么已有4人參與

請問我的菌落PCR測序產(chǎn)物是如下片段，用的M13引物，pMD-19 vector，因?yàn)槲以O(shè)計(jì)的引物是簡并引物，所以序列里邊找不到，想問誰知道我的目的片段怎么找，以及是什么？謝謝？
引物如下：F 5' CATSGANTGGGGTGTHAT 3'
R5' GTGRAGAATRCTCTTGWACT3'

以下是測序結(jié)果：CGATGGTAGCGCGGATCTTCAGAGATTACTGTTCTCCCGGCCTCAAATAACCCATCAATTATGATGCTGTATAAAATAGCTGAAGGCTTTATTCCCCTCTGCAGCATTTCTCTGAAAAGACTCAATCCTTCATCAATCCTTCCAATTTTACAATAGCCATTAACAAGTGTACAATACACTACAACGTTTGGTTCAATGCCAGCTGACACCATAGCATCAAATACTCTTAATGCTTTCTCCATCTTGCCAACAAGACAGTACCCATCCATCAGCATACTATACACCACAGCATCAGGATGCTGACCAGCATTTACAGTTAAGTCAAATATATTTTGTGCGTCCATTATCCTTCCCAGTTTGCAAAGGTTGTTAATTATCGAACTGAAGAAAACAATATCAAGACGCATGCCATTATTCATTATTTCCAAAATCAATTCCTTGGCTTTCAGTAAACTACCATGAGTACAAAAACCTTGAATCAGGCAATGGTATGCATATTTATCAGGTGCTACTCCTTGATCAATCATCTGATTAAATTTCTCCATAGCATCATCCATCTTACCGATTCTGCAGAGGGCAGCAATCACTGACGTATAGGTCACCACATCAGGTTTCACTCCATGGTCTCTCATTTCATTGAAGATGATCATAGCCTTATCTAGCATTCCACAGTTTGCATATGCCTTGATCAGCACACTAAAAGTATAAATGTCAGGTGCAATACCGTCACCTAGCATCAAATCGAAGAGATCTGTCATATCAACTAGACATCCTTTAGTGGCGTACCCGTTGAGCATAATTTTGTAGGAGAAAACATCAGGATTTTGGCCCTTCATTGCCATTGTGTCAAAAACATCTCTAGCTTCCTTGATTTTTCCATACTTGCAAAGGGAACCCATCAACATGTTAAAAGTAACAACATCTGGTAAGATGCTCTGTCTTCTCATTTCTTTAAATACCCTAACTGCCTCCTTCCACTGTCCTGTGGAGGAGTATCCATATATCAAGTTATTATATGTCCAGTTATTTGGCAGACACTTTATTGACATTTGTCGAAGAAAGCCTCTGCTGTCCATTGCTCTGCTTACCAGGCATGATCACAGAGCTATAGTCAACAAATCAGTGATACCCGGCTGTACATTTCTTTGAATAGATCCAATGCTTATTACGTTCACCTCCTTAGAGCGTCGATTACGTATGTAGCACCACGTTCGGGAACGAACGTTCCCCACG

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2014-06-12 13:43:17, 1.2 K

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1樓 2014-06-12 12:55:16

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luwei13566

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追邃2015(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-06-13 16:31:32

建議這個(gè)樣品直接提一下質(zhì)粒測序吧，這個(gè)結(jié)果不是你的樣品的。前后都沒有通用引物序列。

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大家相互幫助哈

8樓2014-06-12 23:13:29

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liug268

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【答案】應(yīng)助回帖

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追邃2015(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-06-12 18:52:47

樓主是做玉米的嗎？
首先在你的序列里找不到上下游引物的序列。你如果是用PCR擴(kuò)增的產(chǎn)物測序的那就不會(huì)在測得的序列中找到引物序列。
然后，我用你的序列到NCBI里面BLAST了一下，發(fā)現(xiàn)跟玉米的PPR-814c mRNA基因cDNA很像。

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2樓2014-06-12 14:31:50

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sometimess

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

怎么在序列里面沒有找到該載體的克隆位點(diǎn)、

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3樓2014-06-12 14:51:50

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3樓: Originally posted by sometimess at 2014-06-12 14:51:50
怎么在序列里面沒有找到該載體的克隆位點(diǎn)、

我也不清楚，這就是他給我發(fā)的測序結(jié)果

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4樓2014-06-12 20:47:52

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2樓: Originally posted by liug268 at 2014-06-12 14:31:50
樓主是做玉米的嗎？
首先在你的序列里找不到上下游引物的序列。你如果是用PCR擴(kuò)增的產(chǎn)物測序的那就不會(huì)在測得的序列中找到引物序列。
然后，我用你的序列到NCBI里面BLAST了一下，發(fā)現(xiàn)跟玉米的PPR-814c mRNA基因cD ...

我做的不是玉米是火鶴，可能我設(shè)計(jì)的是兼并引物，所以測序結(jié)果里沒有，我用的是菌液測序，求助啊，，，，，，

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5樓2014-06-12 20:50:43

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考拉003

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gyesang: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2014-06-12 23:54:24

他是不是給你把測序結(jié)果發(fā)錯(cuò)了啊，這是一個(gè)有關(guān)玉米的基因，從第28位開始為基因的起始位點(diǎn)，到1216位結(jié)束好像。但這個(gè)基因與玉米Zea mays PPR-814c mRNA, complete cds有96%的相似性

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不是微生物專業(yè)的卻進(jìn)入微生物行業(yè)

6樓2014-06-12 21:14:19

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liug268

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5樓: Originally posted by 追邃2015 at 2014-06-12 20:50:43
我做的不是玉米是火鶴，可能我設(shè)計(jì)的是兼并引物，所以測序結(jié)果里沒有，我用的是菌液測序，求助啊，，，，，，...

那就是結(jié)果發(fā)錯(cuò)人了吧，跟玉米相似度如此之高。
建議跟測序公司詢問一下。當(dāng)然還有可能你們的PCR產(chǎn)物污染了

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7樓2014-06-12 22:38:20

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7樓: Originally posted by liug268 at 2014-06-12 22:38:20
那就是結(jié)果發(fā)錯(cuò)人了吧，跟玉米相似度如此之高。
建議跟測序公司詢問一下。當(dāng)然還有可能你們的PCR產(chǎn)物污染了...

恩，謝謝，你說有沒有可能我設(shè)計(jì)的引物不成功，所以測序結(jié)果里沒有我想要的，還有昨天問的老師，他說做菌落PCR時(shí)，引物一個(gè)是M13一個(gè)是自己設(shè)計(jì)的引物，不知道你做的時(shí)候怎么用的引物呢？

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9樓2014-06-13 06:43:12

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8樓: Originally posted by luwei13566 at 2014-06-12 23:13:29
建議這個(gè)樣品直接提一下質(zhì)粒測序吧，這個(gè)結(jié)果不是你的樣品的。前后都沒有通用引物序列。

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10樓2014-06-13 06:44:20

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