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追邃2015

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[求助] 請(qǐng)問(wèn)我的菌落PCR測(cè)序產(chǎn)物目的片段是什么已有4人參與

請(qǐng)問(wèn)我的菌落PCR測(cè)序產(chǎn)物是如下片段，用的M13引物，pMD-19 vector，因?yàn)槲以O(shè)計(jì)的引物是簡(jiǎn)并引物，所以序列里邊找不到，想問(wèn)誰(shuí)知道我的目的片段怎么找，以及是什么？謝謝？
引物如下：F 5' CATSGANTGGGGTGTHAT 3'
R5' GTGRAGAATRCTCTTGWACT3'

以下是測(cè)序結(jié)果：CGATGGTAGCGCGGATCTTCAGAGATTACTGTTCTCCCGGCCTCAAATAACCCATCAATTATGATGCTGTATAAAATAGCTGAAGGCTTTATTCCCCTCTGCAGCATTTCTCTGAAAAGACTCAATCCTTCATCAATCCTTCCAATTTTACAATAGCCATTAACAAGTGTACAATACACTACAACGTTTGGTTCAATGCCAGCTGACACCATAGCATCAAATACTCTTAATGCTTTCTCCATCTTGCCAACAAGACAGTACCCATCCATCAGCATACTATACACCACAGCATCAGGATGCTGACCAGCATTTACAGTTAAGTCAAATATATTTTGTGCGTCCATTATCCTTCCCAGTTTGCAAAGGTTGTTAATTATCGAACTGAAGAAAACAATATCAAGACGCATGCCATTATTCATTATTTCCAAAATCAATTCCTTGGCTTTCAGTAAACTACCATGAGTACAAAAACCTTGAATCAGGCAATGGTATGCATATTTATCAGGTGCTACTCCTTGATCAATCATCTGATTAAATTTCTCCATAGCATCATCCATCTTACCGATTCTGCAGAGGGCAGCAATCACTGACGTATAGGTCACCACATCAGGTTTCACTCCATGGTCTCTCATTTCATTGAAGATGATCATAGCCTTATCTAGCATTCCACAGTTTGCATATGCCTTGATCAGCACACTAAAAGTATAAATGTCAGGTGCAATACCGTCACCTAGCATCAAATCGAAGAGATCTGTCATATCAACTAGACATCCTTTAGTGGCGTACCCGTTGAGCATAATTTTGTAGGAGAAAACATCAGGATTTTGGCCCTTCATTGCCATTGTGTCAAAAACATCTCTAGCTTCCTTGATTTTTCCATACTTGCAAAGGGAACCCATCAACATGTTAAAAGTAACAACATCTGGTAAGATGCTCTGTCTTCTCATTTCTTTAAATACCCTAACTGCCTCCTTCCACTGTCCTGTGGAGGAGTATCCATATATCAAGTTATTATATGTCCAGTTATTTGGCAGACACTTTATTGACATTTGTCGAAGAAAGCCTCTGCTGTCCATTGCTCTGCTTACCAGGCATGATCACAGAGCTATAGTCAACAAATCAGTGATACCCGGCTGTACATTTCTTTGAATAGATCCAATGCTTATTACGTTCACCTCCTTAGAGCGTCGATTACGTATGTAGCACCACGTTCGGGAACGAACGTTCCCCACG

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2014-06-12 13:43:17, 1.2 K

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1樓 2014-06-12 12:55:16

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追邃2015

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7樓: Originally posted by liug268 at 2014-06-12 22:38:20
那就是結(jié)果發(fā)錯(cuò)人了吧，跟玉米相似度如此之高。
建議跟測(cè)序公司詢問(wèn)一下。當(dāng)然還有可能你們的PCR產(chǎn)物污染了...

恩，謝謝，你說(shuō)有沒(méi)有可能我設(shè)計(jì)的引物不成功，所以測(cè)序結(jié)果里沒(méi)有我想要的，還有昨天問(wèn)的老師，他說(shuō)做菌落PCR時(shí)，引物一個(gè)是M13一個(gè)是自己設(shè)計(jì)的引物，不知道你做的時(shí)候怎么用的引物呢？

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9樓2014-06-13 06:43:12

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liug268

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追邃2015(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-06-12 18:52:47

樓主是做玉米的嗎？
首先在你的序列里找不到上下游引物的序列。你如果是用PCR擴(kuò)增的產(chǎn)物測(cè)序的那就不會(huì)在測(cè)得的序列中找到引物序列。
然后，我用你的序列到NCBI里面BLAST了一下，發(fā)現(xiàn)跟玉米的PPR-814c mRNA基因cDNA很像。

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2樓2014-06-12 14:31:50

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sometimess

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

怎么在序列里面沒(méi)有找到該載體的克隆位點(diǎn)、

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3樓2014-06-12 14:51:50

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引用回帖:

3樓: Originally posted by sometimess at 2014-06-12 14:51:50
怎么在序列里面沒(méi)有找到該載體的克隆位點(diǎn)、

我也不清楚，這就是他給我發(fā)的測(cè)序結(jié)果

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4樓2014-06-12 20:47:52

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