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xxj9618

銀蟲 (初入文壇)

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注冊: 2013-01-09
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專業(yè): 生物醫(yī)用高分子材料

[求助] pdb2gmx出錯

我在做一條肽鏈，但是它的一段由一個己基取代，也就是VAL里的一個氫原子去掉變成了一個己基，但是運行pdb2gmx時，提示
Fatal error:
Atom HN1 in residue VAL 1 was not found in rtp entry VAL with 10 atoms
while sorting atoms.

For a hydrogen, this can be a different protonation state, or it
might have had a different number in the PDB file and was rebuilt
(it might for instance have been H3, and we only expected H1 & H2).
Note that hydrogens might have been added to the entry for the N-terminus.
Remove this hydrogen or choose a different protonation state to solve it.
Option -ignh will ignore all hydrogens in the input.

我也知道是因為我用己基替換這個氫原子導致的，但是我又必須分析氫鍵，所以-ignh不會用到，請問我現(xiàn)在應該怎么操作阿？

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我有我世界。。。

1樓 2014-09-17 13:56:33

已閱回復此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

智能機器人

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