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[求助] 16S rDNA測(cè)序結(jié)果無(wú)法拼接疑問(wèn) 已有4人參與

16S rDNA測(cè)序結(jié)果回來(lái)了，大部分序列顯示無(wú)法拼接，我用DNAMAN拼接也失敗了。想問(wèn)問(wèn)各位師兄師姐：
1.如果序列無(wú)法拼接，是否就無(wú)法進(jìn)行比對(duì)，并構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)了？
2.能不能就用單向的序列進(jìn)行BLAST？可信度高不？
3.有沒(méi)有強(qiáng)大的軟件能解決這個(gè)問(wèn)題？
感激不盡��！

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1樓 2014-10-15 21:47:16

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peterrjp

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什么測(cè)序方法呀？paired-end reads的拼接？我習(xí)慣用FLASH軟件做paired-end拼接

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2樓2014-10-16 14:01:51

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不拼接也是可以做系統(tǒng)發(fā)育分析的，blast也沒(méi)什么問(wèn)題。無(wú)非是短一點(diǎn)而已。100多bp的序列做系統(tǒng)發(fā)育都沒(méi)啥問(wèn)題

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3樓2014-10-16 14:03:27

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kiki1289

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3樓: Originally posted by peterrjp at 2014-10-16 14:03:27
不拼接也是可以做系統(tǒng)發(fā)育分析的，blast也沒(méi)什么問(wèn)題。無(wú)非是短一點(diǎn)而已。100多bp的序列做系統(tǒng)發(fā)育都沒(méi)啥問(wèn)題

問(wèn)了測(cè)序公司，他說(shuō)樣品不純，雙峰，不能做系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)和鑒定。結(jié)果會(huì)不準(zhǔn)確。

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4樓2014-10-17 17:48:45

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peterrjp

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4樓: Originally posted by kiki1289 at 2014-10-17 17:48:45
問(wèn)了測(cè)序公司，他說(shuō)樣品不純，雙峰，不能做系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)和鑒定。結(jié)果會(huì)不準(zhǔn)確。...

哦，你說(shuō)的是sanger測(cè)序啊，雙峰結(jié)果確實(shí)不能用，不是單克隆。

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5樓2014-10-17 17:55:18

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圣迭戈

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雙峰的話的確是沒(méi)有辦法了，得到的結(jié)果是錯(cuò)誤的序列，所以無(wú)法拼接。單向blast也不行的。
你是PCR產(chǎn)物直接測(cè)序，還是挑單克隆測(cè)序？
建議重新挑單克隆測(cè)序看看。

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6樓2014-10-18 09:31:44

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xlMAR

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如果樓主想得到almost-complete序列的話
就TA克隆之后再測(cè)序唄

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7樓2014-10-19 14:39:48

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donglihuoche

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你是16S全長(zhǎng)測(cè)序還是v4區(qū)測(cè)序？

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有幾十個(gè)美女說(shuō)我?guī)�，我沒(méi)有承認(rèn)；她們就用磚頭打我，說(shuō)我撒謊......

8樓2014-10-20 15:17:48

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