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southern blot酶切基因組問題 已有2人參與
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| 如題，做southern blot時，在酶切基因組的時候應該用單切還是雙酶切？看好多說單酶切，那么單酶切之后探針結合的條帶大小為什么會和敲入的基因大小相同？單切應該不可能正好切下來目的片段的啊 ，切下來大小不一樣跑的位置肯定不一樣的啊。。。求解！ |
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7樓2014-12-22 10:02:02
ksws0465326
金蟲 (小有名氣)
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感謝參與，應助指數(shù) +1
cnzpli(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵熱心回帖交流 2014-12-04 19:54:39
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cnzpli(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵熱心回帖交流 2014-12-04 19:54:39
做southern的話，我一般都選單酶切，先利用軟件查找你要酶切堅定的片段上下游大概5k到10k bp的序列，然后從中確定要是用的霉，因為一個酶在目的基因或者目的基因其上下游都可能存在酶切位點，所以我的話一般都找目的基因內沒有酶切位點，而在其上下游附近都存在酶切位點的酶，兩位點之間的堿基數(shù)也可知，假如為5000bp而目的基因片段為3000bp，則探針結合到酶切片段時因為此片段為5000bp所以結果顯示為5000bp的條帶。如果你找的單酶切在目的基因和其上下游均有位點，例如還是5000的片段，目的基因在其中的1500到4500，你選的酶在目的基因上的第500個堿基位置進行酶切，也就是說目的基因分為500，和2500，因此，此5000bp的片段就分為了2000bp和3000bp的條帶，探針雖然是目的片段的全長，但還是可以結合到被切割為兩段的片段上，所以檢測出來就顯示為2000和3000的條帶了。不知道以上的講解能否為樓主解惑。。。 |
2樓2014-12-03 22:02:03
3樓2014-12-04 00:48:08
4樓2014-12-04 14:21:05
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