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吉米愛多鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
求助：請問Gromacs里如何添加SiO2？
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| 我看有文章用Gromacs里的CHARMM力場做了quartz層進(jìn)行模擬。但是我不知道怎樣操作？我照著一篇文獻(xiàn)里的.pdb（單體）數(shù)據(jù)，添加原子類型，再把pdb里的residue添加到.rtp里，然后定義鍵和非鍵作用參數(shù)，用pdb2gmx能把pdb轉(zhuǎn)成gro和top，可是用這個(gè)生成的gro單體進(jìn)行g(shù)enconf的時(shí)候，得到的是一些相互分離的單體（就像是一個(gè)個(gè)分子）。我感覺這應(yīng)該是我沒有定義單體和單體之間在boundary處的bond angle等信息，那篇文獻(xiàn)里有給patch數(shù)據(jù)，是不是應(yīng)該再用上patch數(shù)據(jù)？可是Gromacs里怎么樣用patch呢？ |
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