 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2317 | 回復(fù): 8 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
趙紅霞鐵桿木蟲 (著名寫手)
|
[求助]
Gromacs 溶劑可及表面（SAS）的計算源代碼 已有1人參與
|
|
|
我在MS里計算的軌跡想在VMD里算親水和疏水部分的溶劑可及表面（SAS） 現(xiàn)在遇到的問題是，在VMD里可以用measure sasa命令算整個分子的SAS，但是沒法算各個部分對于SAS的貢獻(xiàn)。就像gromacs里那樣。 所以，我想看下gromacs里如何實現(xiàn)這一過程，卻不知道在哪里查看源代碼，請各位熟悉gromacs的幫忙 另，在VMD里如何算出各個部分對于SAS的貢獻(xiàn)？ 或者誰知道如何將MS里的軌跡轉(zhuǎn)化為pdb格式，這樣我就可以在Gromacs里分析了。把xtd另存為pdb只能存當(dāng)前幀構(gòu)象，不是軌跡。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
081700 調(diào)劑 267分
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
請教下大家 2026年國家基金申請是雙盲審嗎？
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
276求調(diào)劑。有半年電池和半年高分子實習(xí)經(jīng)歷
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿南航材料專317分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
生物學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
284求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿山東大學(xué)藥學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
07化學(xué)280分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
298-一志愿中國農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 求助，gromacs在加溶劑時無法生成top文件。
已經(jīng)有6人回復(fù)
- Gromacs在定義盒子是分子出現(xiàn)在盒子外邊
已經(jīng)有10人回復(fù)
- gromacs跑能量最小化后蛋白四分五裂了
已經(jīng)有3人回復(fù)
- gromacs如何模擬有機(jī)溶劑體系
已經(jīng)有0人回復(fù)
- gromacs 膜動力學(xué)
已經(jīng)有2人回復(fù)
- 利用Gromacs在做純?nèi)軇┑膍d.mdp時，有一個關(guān)于溫度耦合的設(shè)定沒有明白，求指點！
已經(jīng)有1人回復(fù)
- Gromacs計算甲醇溶劑體系，求過程中需要的甲醇分子.gro和.itp文件
已經(jīng)有0人回復(fù)
- 怎么用gromacs模擬混合溶劑？跪求大牛指導(dǎo)。。。
已經(jīng)有15人回復(fù)
- Gromacs與APBS聯(lián)用問題
已經(jīng)有0人回復(fù)
- 其他溶劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【樓主分享了解決方案】：gromacs中坐標(biāo)文件與top文件不匹配
已經(jīng)有5人回復(fù)
- gromacs
已經(jīng)有1人回復(fù)
- gromacs中MM-GBSA計算
已經(jīng)有7人回復(fù)
- gromacs跑動力學(xué)時，水分子的影響
已經(jīng)有3人回復(fù)
- gromacs grompp的時候出現(xiàn)如下錯誤
已經(jīng)有4人回復(fù)
- gromacs進(jìn)行復(fù)合物及單獨小分子動力學(xué)
已經(jīng)有0人回復(fù)
- Gromacs加入溶劑分子數(shù)目問題
已經(jīng)有2人回復(fù)
- gromacs 隱式溶劑
已經(jīng)有0人回復(fù)
- 【轉(zhuǎn)帖】GROMACS分析程序討論，在gromacs中添加Amber力場
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【討論】gromacs電荷不為整數(shù)
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】gromacs運算過程中出現(xiàn)的問題
已經(jīng)有1人回復(fù)
- 【轉(zhuǎn)帖】一些計算化學(xué)相關(guān)的免費的在線數(shù)據(jù)庫、分子結(jié)構(gòu)庫及工具
已經(jīng)有109人回復(fù)
- 【分享】在gromacs中做蛋白質(zhì)在有機(jī)溶劑DMSO中的模擬流程！
已經(jīng)有17人回復(fù)
angjzy
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 金幣: 1745.2
- 散金: 1491
- 紅花: 5
- 帖子: 251
- 在線: 172.3小時
- 蟲號: 647898
- 注冊: 2008-11-06
- 專業(yè): 藥物材料
7樓2015-09-24 17:28:36
趙紅霞
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 73 (初中生)
- 金幣: 6197.9
- 散金: 141
- 紅花: 33
- 帖子: 1541
- 在線: 700小時
- 蟲號: 1544094
- 注冊: 2011-12-20
- 性別: MM
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
2樓2015-09-16 10:13:45
趙紅霞
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 73 (初中生)
- 金幣: 6197.9
- 散金: 141
- 紅花: 33
- 帖子: 1541
- 在線: 700小時
- 蟲號: 1544094
- 注冊: 2011-12-20
- 性別: MM
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
3樓2015-09-17 11:11:15
趙紅霞
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 73 (初中生)
- 金幣: 6197.9
- 散金: 141
- 紅花: 33
- 帖子: 1541
- 在線: 700小時
- 蟲號: 1544094
- 注冊: 2011-12-20
- 性別: MM
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
4樓2015-09-21 09:22:37
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[基金申請] 請教下大家 2026年國家基金申請是雙盲審嗎？ +3 | lishucheng1 2026-03-22 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +7 | 十三加油 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
[考研] 一志愿河北工業(yè)大學(xué)0817化工278分求調(diào)劑 +7 | jhybd 2026-03-23 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 初試270分 求調(diào)劑 +4 | 谷雨上岸 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 奶油草莓. 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 336化工調(diào)劑 +4 | 王大坦1 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +8 | 上岸6666@ 2026-03-20 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 289材料與化工（085600）B區(qū)求調(diào)劑 +3 | 這么名字咋樣 2026-03-22 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 305分求調(diào)劑（食品工程） +4 | Sxy112 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 260求調(diào)劑 +3 | 朱芷琳 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工306 +4 | z1z2z3879 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 廣西大學(xué)材料導(dǎo)師推薦 +3 | 夏夏夏小正 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求 B區(qū) 調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +3 | wyyyqx 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +5 | 睿08 2026-03-17 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料求調(diào)劑，總分315（英一） +5 | sbdksD 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑一志愿南京航空航天大學(xué)289分 +3 | @taotao 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿西安交通大學(xué) 學(xué)碩 354求調(diào)劑211或者雙一流 +3 | 我想要讀研究生 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 353求調(diào)劑 +3 | 拉鉤不許變 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +6 | 緒幸與子 2026-03-17 | 6/300 |
|