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oyljw至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
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【求助】怎樣固定某個(gè)分子（不優(yōu)化）優(yōu)化其它分子 ？
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請(qǐng)問(wèn)： 想優(yōu)化兩個(gè)分子之間的相互作用，能把某個(gè)分子固 定�。ú粌�(yōu)化）先優(yōu)化另一個(gè)分子嗎？這是凍結(jié)核嗎？ 想固定優(yōu)化，需要把坐標(biāo)后面加上0，還需不需要其他的？ |
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oyljw
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3樓2010-10-25 18:37:08
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4樓2010-10-25 18:45:53
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我看到版主的帖子了 “（3.2） 想固定某部分原子（鍵長(zhǎng)、鍵角、二面角、相對(duì)位置、相對(duì)方向。。。。）怎么做？ Quote: 1.opt=modredundant 命令 在坐標(biāo)后面寫(xiě)上你要固定的原子序號(hào)，例如 1 2 f，限制1-2原子間鍵長(zhǎng) 1 2 3 4 f，限制1-2-3-4原子間二面角 2.使用constants指定，如下例可以固定水的鍵角105.4度 O H1 O R H2 O R H1 A Variables: R 1.0 Constants: A 105.4 3.使用列標(biāo)記，把直角坐標(biāo)下的第二列改為-1，則會(huì)固定原子坐標(biāo)， 改為比-1還小的數(shù)值，這些被改動(dòng)的原子間的相對(duì)位置固定。 ” 感謝版主和樓上的！ |
5樓2010-10-26 11:13:42
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