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關于小分子的結(jié)構(gòu)問題
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| 目前我做的是一個含鉑的小分子與核酸相互作用的動力學模擬，我將小分子與DNA復合物進行能量最優(yōu)化后，發(fā)現(xiàn)小分子中與鉑相連的原子全部斷開了，甚至有的都跑掉了，以至于下面的模擬過程也進行不下去，我想請問各位師兄師姐，為啥會出現(xiàn)這種情況？一般是哪些因素導致的？然后應該如何解決這個問題呢？ 謝謝了~~~ |
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zhuzhilin05
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zhuzhilin05
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5樓2011-07-11 20:12:06
6樓2011-07-12 09:42:36
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+4): 謝謝 2011-07-12 17:16:32
御劍江湖(金幣+4): 謝謝 2011-07-12 17:16:32
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我說的GROMACS的文件，Amber我沒用過，不過文件內(nèi)容大體都類似，你可以瀏覽一下，想這個為二面角的力場文件http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... 0b94ca7a894756.html |
7樓2011-07-12 11:11:36
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