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ww5945鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
科研探索者
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[求助]
關(guān)于小分子的結(jié)構(gòu)問(wèn)題
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| 目前我做的是一個(gè)含鉑的小分子與核酸相互作用的動(dòng)力學(xué)模擬,我將小分子與DNA復(fù)合物進(jìn)行能量最優(yōu)化后,發(fā)現(xiàn)小分子中與鉑相連的原子全部斷開(kāi)了,甚至有的都跑掉了,以至于下面的模擬過(guò)程也進(jìn)行不下去,我想請(qǐng)問(wèn)各位師兄師姐,為啥會(huì)出現(xiàn)這種情況?一般是哪些因素導(dǎo)致的?然后應(yīng)該如何解決這個(gè)問(wèn)題呢? 謝謝了~~~ |

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我說(shuō)的GROMACS的文件,Amber我沒(méi)用過(guò),不過(guò)文件內(nèi)容大體都類(lèi)似,你可以瀏覽一下,想這個(gè)為二面角的力場(chǎng)文件http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... 0b94ca7a894756.html |
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
科研探索者

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