| 24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜 |
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 5318 | 回復(fù): 8 | ||||||
[交流]
雙順?lè)醋?表達(dá)載體的構(gòu)建——求助!
|
|
正在構(gòu)建雙順?lè)醋颖磉_(dá)載體,用的是pet-32a 有幾個(gè)問(wèn)題請(qǐng)教高人指點(diǎn) 1、第一個(gè)基因需不需要ATG還是直接用成熟肽,終止密碼子需不需要去掉; 2、第二個(gè)基因之前除了要加RBS序列還需要添加別的序列嗎,ATG是否需要帶著;3、第二個(gè)基因從哪里開(kāi)始編碼是否RBS會(huì)被識(shí)別成三聯(lián)密碼子翻譯成相應(yīng)氨基酸; 4、第二個(gè)基因不加RBS,第一個(gè)基因不加終止密碼子,是否會(huì)使兩條多肽串聯(lián)起來(lái),這樣形式的蛋白經(jīng)過(guò)變性復(fù)性能否具有相應(yīng)的生物學(xué)活性(兩個(gè)多肽,是同一蛋白的兩個(gè)亞單位) |
分子生化實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn)積累 | 藥學(xué)科研資料 | 核酸方面 |
» 搶金幣啦!回帖就可以得到:
+1/280
+1/188
+2/68
+2/40
+1/40
+1/34
+1/33
+1/31
+1/12
+1/9
+1/8
+1/8
+1/4
+1/4
+1/4
+1/3
+1/2
+1/2
+1/1
+1/1
鐵桿木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
|
1. 如果你指向表達(dá)成熟肽,可以去掉原序列里的信號(hào)肽編碼序列,但是需要有ATG作為起始密碼子。這樣表達(dá)出來(lái)的產(chǎn)物比成熟肽多一個(gè)Met。如果你不想把兩個(gè)基因融合表達(dá),就不要去掉第一個(gè)序列的終止密碼子。 2. 第二個(gè)基因之前不用加核糖體結(jié)合位點(diǎn)。pet-32a用的是強(qiáng)啟動(dòng)子,沒(méi)有終止子序列的情況下核糖體不會(huì)脫落。第二個(gè)基因的ATG需要保留,第二個(gè)基因就是從其ATG開(kāi)設(shè)表達(dá)。 3. 兩個(gè)序列之間不用保持閱讀框,除非你想做成融合蛋白。 3. 融合蛋白是否保留原來(lái)的活性的確要看是否正確折疊成獨(dú)立結(jié)構(gòu),一般會(huì)在兩個(gè)蛋白之間加linker。 |
|
感謝老師幫助,受益匪淺,還有幾個(gè)地方不太明白 1、第一個(gè)基因的翻譯起始位點(diǎn)應(yīng)該是載體RBS下游的第一個(gè)ATG吧,也就是說(shuō)在表達(dá)我目的片段的氨基酸之前還要表達(dá)載體上的氨基酸100多個(gè),這樣的話(huà)我第一個(gè)基因添加ATG的作用是什么呢,第一個(gè)基因表達(dá)出來(lái)的蛋白是不是就是各種Tag 加上我的目的蛋白的融合蛋白? 2、載體兩翼都有His.tag有沒(méi)有必要都保留? 3、第一個(gè)基因如果帶著終止密碼子,第二個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄和翻譯會(huì)不會(huì)受到影響?第二個(gè)基因我可以用TAA做終止密碼子,不讓下游His.tag 表達(dá)嗎? |
鐵桿木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
|
1. 你可以選擇不同的酶切位點(diǎn)克隆來(lái)實(shí)現(xiàn)表達(dá)產(chǎn)物帶什么tag。pET-32a的確可以在N端融合多個(gè)tag,并且這些tag是可以在純化后切除的。這種情況,你實(shí)際上是先表達(dá)出帶標(biāo)簽的融合蛋白,所以第一個(gè)目的基因的ATG可以不要,但要注意序列的閱讀框與前面的融合標(biāo)簽相符,避免移碼。 2. his-tag留一個(gè)就可以了。載體這樣設(shè)計(jì)是為了克隆方便。有些蛋白的N端或者C端對(duì)活性很重要,只有一邊的標(biāo)簽純化出來(lái)的蛋白有活性。 3. 第一個(gè)基因的終止密碼子不會(huì)影響第二個(gè)基因的表達(dá),有終止密碼子可以避免形成融合蛋白。當(dāng)然如果你想做融合表達(dá)的話(huà),應(yīng)該去掉第一個(gè)基因的終止密碼子。第二個(gè)基因的TAA如果保留,表達(dá)出來(lái)的蛋白的C端是沒(méi)有his-tag。 |
銅蟲(chóng) (小有名氣)
|
2. 用不用強(qiáng)啟動(dòng)子和需不需要RBS有毛線關(guān)系。 啟動(dòng)子只控制轉(zhuǎn)錄,核糖體結(jié)合位點(diǎn)是必須的,關(guān)于連續(xù)的bicistron 表達(dá)具體可以參考以下三篇文章。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23474465 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23034349 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22983090 結(jié)論就是,如果使用E coli本身啟動(dòng)子,那么第二個(gè)CDS翻譯強(qiáng)度首先會(huì)隨著距起始位點(diǎn)變遠(yuǎn)而下降(當(dāng)然在使用T7 RNAP時(shí)候,在2-3Kbp以?xún)?nèi)可能不是很明顯) 如果第一段CDS的stop codon 出現(xiàn)在RBS后面,那么第一個(gè)CDS的翻譯會(huì)幫助解除mRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu),從而幫助第二個(gè)cistron的翻譯(強(qiáng)度只取決于RBS的序列,和第二個(gè)CDS的起始部分無(wú)關(guān),沒(méi)有RBS幾乎不翻譯) 如果第一段CDS的Stop codon在第二個(gè)RBS之前,那么第二個(gè)CDS的翻譯很不好預(yù)測(cè),可以通過(guò)RBS二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行一些分析,不過(guò)準(zhǔn)確率大概就50%(具體看 http://www.nature.com/nbt/journal/v27/n10/full/nbt.1568.html ) 所以此時(shí)如果想有效的去除5‘sequence 對(duì)第二個(gè)cistron的影響,可以使用我上面提到的第二 三篇文章的方法,當(dāng)然最簡(jiǎn)單的方法就是再克隆一遍啟動(dòng)子往后的序列,這樣最保險(xiǎn)。 |
|
1、我的兩個(gè)多肽加起來(lái)有600多bp,第二個(gè)cds翻譯的效率應(yīng)該不會(huì)受到很大影響吧? 2、“如果第一段CDS的stop codon 出現(xiàn)在RBS后面,那么第一個(gè)CDS的翻譯會(huì)幫助解除mRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)” 什么意思啊,是不是說(shuō)第二個(gè)基因的RBS也同時(shí)作為第一個(gè)基因的編碼序列。 3、“不過(guò)準(zhǔn)確率大概就50%”這個(gè)概率說(shuō)明什么, 是不能很好的識(shí)別第二個(gè)基因的起始密碼子嗎? 4、求教關(guān)于兩個(gè)基因之間的序列設(shè)計(jì)以及第二個(gè)基因RBS與ATG之間的序列設(shè)計(jì); 謝謝 |
銅蟲(chóng) (小有名氣)
|
1. 距離不重要,但rbs的interaction只和序列有關(guān),影響未知 2. 是的比如我給你的第一篇文章出現(xiàn)類(lèi)似(aggaggt)tttaatg的序列時(shí)如果第一個(gè)蛋白質(zhì)翻譯在TAAtg的TAA終止,(括號(hào)內(nèi)是RBS),那么如果從最后的ATG起始時(shí)可以保住消除mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu) 3. 指你如果用自由能預(yù)測(cè)RBS強(qiáng)度 4. 省事得話(huà)直接另外加一個(gè)promoter,這樣是最不用操心的。 其次把你的第二個(gè)RBS 扔到https://salis.psu.edu/software/ 這里算下活性,和去掉第一段cds作為上游序列時(shí)比較下,差異不大,并且數(shù)字還可以(至少幾K吧),可以考慮 更麻煩但是理論上可以用的方法,參考上面的第二篇文章(第一篇文章需要特定RBS序列出現(xiàn)在第一個(gè)蛋白里,一般不符合你的情況。),在第一個(gè)Stop condon后面加一個(gè)RiboJ序列(最好稍微有點(diǎn)距離),這樣最后mRNA會(huì)被RiboJ分成兩段獨(dú)立的mRNA |
鐵桿木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
| 9 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 省雙一流重點(diǎn)一本大學(xué)招收調(diào)劑 +3 | wwwwffffff 2026-03-31 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿武理材料工程302調(diào)劑環(huán)化或化工 +8 | Doleres 2026-03-31 | 8/400 |
|
|
[考研] 材料工程085601數(shù)二英一335求調(diào)劑 +5 | 雙馬尾痞老板2 2026-03-31 | 5/250 |
|
|
[考研] 環(huán)境工程297分求調(diào)劑一志愿杭高院 +6 | GENJIOW 2026-03-31 | 6/300 |
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑 一志愿哈工大總分298分,前三科223分 +11 | dongfang59 2026-03-27 | 11/550 |
|
|
[考研] 一志愿:西北大學(xué),英一數(shù)一408-284分求調(diào)劑 +6 | 12.27 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
[考研] 調(diào)劑求院校招收 +7 | 鶴鯨鴿 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
[考研] 一志愿大連理工大學(xué),機(jī)械工程學(xué)碩,341 +3 | 西瓜田的守望者 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
[考研] 269求調(diào)劑 +4 | 我想讀研11 2026-03-31 | 4/200 |
|
|
[考研] 0856調(diào)劑 +6 | 曲聽(tīng)筠 2026-03-30 | 6/300 |
|
|
[考研] 一志愿 南京航空航天大學(xué) ,080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +5 | @taotao 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
[考研] 一志愿中海洋320化學(xué)工程與技術(shù)學(xué)碩求調(diào)劑 +8 | 披星河 2026-03-30 | 8/400 |
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué)材料與化工(085600)296求調(diào)劑 +25 | 稻妻小編 2026-03-26 | 25/1250 |
|
|
[考研] 環(huán)境科學(xué)與工程334分求調(diào)劑 +6 | 王一一依依 2026-03-30 | 8/400 |
|
|
[考研] 生物技術(shù)與工程 +7 | 1294608413 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
[考研] 調(diào)劑考研 +3 | 王杰一 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
[考研] 數(shù)一英一271專(zhuān)碩(085401)求調(diào)劑,可跨 +7 | 前行必有光 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
[考研] 085602 化工專(zhuān)碩 338分 求調(diào)劑 +12 | 路癡小琪 2026-03-27 | 12/600 |
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +14 | 鵝鵝鵝額額額額?/a> 2026-03-25 | 15/750 |
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +5 | 1428151015 2026-03-27 | 6/300 |
|