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xiehuiling新蟲 (初入文壇)
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[求助]
熒光定量引物設(shè)計(jì)問題 已有2人參與
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| 我之前是先跑的蛋白 ，根據(jù)蛋白去查找DNA序列，但是 我的蛋白質(zhì)gi編號找不到對應(yīng)的我想要的物種，然后就沒辦法去設(shè)計(jì)引物了，請問，這個有什么別的方法嗎？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gyesang: 金幣+4, 鼓勵交流！ 2014-05-22 04:00:20
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gyesang: 金幣+4, 鼓勵交流！ 2014-05-22 04:00:20
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1.先用你的蛋白序列在NCBI上做個tblastn比對，尋找和你蛋白序列能高度匹配的核酸序列，根據(jù)該核酸序列設(shè)計(jì)引物； 2.在上步找到匹配核酸序列后，繼續(xù)查找不同物種該核酸序列的同源序列，多序列比對，找到保守區(qū)，根據(jù)保守區(qū)設(shè)計(jì)引物； 3.直接根據(jù)蛋白質(zhì)序列，結(jié)合密碼子偏好，設(shè)計(jì)簡并引物，擴(kuò)出序列后測序，再根據(jù)測序結(jié)果設(shè)計(jì)定量引物。 |
2樓2014-05-21 23:54:18
jurkat.1640
至尊木蟲 (文壇精英)
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3樓2014-05-22 08:58:21
xiehuiling
新蟲 (初入文壇)
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4樓2014-05-22 15:07:24
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