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zhangmao511鐵蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
Gromacs關(guān)于能量最小化的問(wèn)題�。。。。。。。�
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我在能量最小化的過(guò)程中先用最速下降法，再用共軛梯度法進(jìn)行進(jìn)一步的收斂。然后，再進(jìn)行位置限制性模擬。 我不知道我寫(xiě)的命令步驟細(xì)節(jié)對(duì)不對(duì)，是否有錯(cuò)，傳上來(lái)讓大蝦們幫忙看看，感謝�。� 先用最速下降法： grompp_mpi -f minim.mdp -c psbo_solvent_ions.gro -p topol.top -o em.tpr mpirun -np 120 mdrun_mpi -v -deffnm em 再用上面生成的em.gro做為輸入，進(jìn)行共軛梯度法： grompp_mpi -f minim_cg.mdp -c em.gro -p topol.top -o em_cg.tpr mpirun -np 120 mdrun_mpi -v -deffnm em_cg 再用上面生成的em_cg.gro做為輸入，進(jìn)行位置限制性模擬 grompp_mpi -f pr.mdp -c em_cg.gro -p topol.top -o em_pr.tpr mpirun -np 120 mdrun_mpi -v -deffnm em_pr |
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zhangmao511
鐵蟲(chóng) (小有名氣)
| 頂一下�。� |
2樓2014-06-14 20:05:11
zhangmao511
鐵蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 33
- 紅花: 2
- 帖子: 136
- 在線: 29.7小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2553312
- 注冊(cè): 2013-07-19
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- 專(zhuān)業(yè): 蛋白質(zhì)組學(xué)
3樓2014-06-22 23:04:07
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