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zhangmao511鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
Gromacs關(guān)于能量最小化的問題�。。。。。。�！
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我在能量最小化的過程中先用最速下降法，再用共軛梯度法進行進一步的收斂。然后，再進行位置限制性模擬。 我不知道我寫的命令步驟細節(jié)對不對，是否有錯，傳上來讓大蝦們幫忙看看，感謝！！ 先用最速下降法： grompp_mpi -f minim.mdp -c psbo_solvent_ions.gro -p topol.top -o em.tpr mpirun -np 120 mdrun_mpi -v -deffnm em 再用上面生成的em.gro做為輸入，進行共軛梯度法： grompp_mpi -f minim_cg.mdp -c em.gro -p topol.top -o em_cg.tpr mpirun -np 120 mdrun_mpi -v -deffnm em_cg 再用上面生成的em_cg.gro做為輸入，進行位置限制性模擬 grompp_mpi -f pr.mdp -c em_cg.gro -p topol.top -o em_pr.tpr mpirun -np 120 mdrun_mpi -v -deffnm em_pr |
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zhangmao511
鐵蟲 (小有名氣)
| 頂一下��！ |
2樓2014-06-14 20:05:11
zhangmao511
鐵蟲 (小有名氣)
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- 金幣: 33
- 紅花: 2
- 帖子: 136
- 在線: 29.7小時
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- 專業(yè): 蛋白質(zhì)組學
3樓2014-06-22 23:04:07
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