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熒光定量PCR引物設(shè)計(jì)保守序列的選擇 已有1人參與
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| 本人從網(wǎng)上下載了6段序列經(jīng)DNAman同源比對后找保守序列設(shè)計(jì)熒光定量PCR的引物和探針，發(fā)現(xiàn)有很多個(gè)保守區(qū)，但是每個(gè)保守區(qū)中的堿基都不多，長的10來個(gè)，短的2個(gè)左右，若是根據(jù)擴(kuò)增的序列在100到150之間的話，需要橫跨好幾個(gè)保守區(qū)，中間會(huì)夾雜一些非保守的堿基，請問我該怎樣選擇保守序列作為設(shè)計(jì)引物的模板序列？有一些選擇原則和去除原則嗎，謝謝！ |
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，直接用CDS序列設(shè)計(jì)不行嗎
3樓2018-01-02 20:34:38
2樓2015-04-27 11:32:55
【答案】應(yīng)助回帖
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1、2個(gè)堿基的保守區(qū)？這有點(diǎn)過分啊，這就不叫保守區(qū)了。 2、如果非要設(shè)計(jì)引物，建議在較長的序列保守區(qū)進(jìn)行設(shè)計(jì)，上下游引物設(shè)計(jì)在臨近或間隔的序列保守區(qū)內(nèi)都沒有問題，保守區(qū)的長度最少也要十幾bp，再短的話引物的tm就不夠了。不要在考慮引物二聚體、二級結(jié)構(gòu)的問題了，先找到引物的結(jié)合區(qū)吧，其余的問題都是小節(jié) 3、引物的端區(qū)域設(shè)計(jì)在保守區(qū)，5端如果不能落在保守區(qū)，也不要出去太多，所以保守區(qū)序列越長越好。如果5端不在保守區(qū)，pcr的時(shí)候需要降低退火溫度。 |
4樓2018-01-03 09:54:07
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