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abczhuazhua銅蟲 (初入文壇)
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[交流]
3'RACE測(cè)序結(jié)果求助 已有4人參與
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| 本人現(xiàn)在做3race,測(cè)序結(jié)果存在一種現(xiàn)象,不知各位大俠遇到過沒?在此求揭示!本人按照clontech的試劑盒做的結(jié)果,pcr,切膠回收,連接后轉(zhuǎn)化,挑單克隆跑pcr,檢查到目的條帶后每個(gè)基因送測(cè)10個(gè)菌。測(cè)序結(jié)果都是我要的基因,但是相同基因不同菌落的序列之間存在差異,即在靠近polyA處,序列長短不一,也就是說3’UTR序列長短不一,但是前提條件是短的序列測(cè)序結(jié)果也含有polyA。請(qǐng)問這是什么現(xiàn)象?如何選擇序列? |
木蟲 (著名寫手)
銅蟲 (初入文壇)
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看到別的帖子上是這么回復(fù)的,但是我是做過nest的測(cè)序結(jié)果,能介紹一下last exon alternative splicing么,謝謝。 3’RACE的一個(gè)主要錯(cuò)配來源,就是oligodT不僅僅可以與polyA配對(duì),還可以跟基因組中很多地方存在的一串A配對(duì),而碰巧這段A上游與你的基因上游引物再有錯(cuò)配,就可以產(chǎn)生條帶。 所以一般而言,這種3‘RACE需要再找一個(gè)上游引物下游一點(diǎn)點(diǎn)的,做一次nest PCR,檢測(cè)你的產(chǎn)物知否特異。 你的測(cè)序結(jié)果顯示你克隆的確實(shí)你關(guān)注的基因? APA就是一個(gè)基因有多個(gè)polyA site的情況,其中很多時(shí)候并不改變CDS,但是如果是last exon alternative splicing的情況,就可以出現(xiàn)CDS不一樣的polyA site。 |
銀蟲 (小有名氣)
新蟲 (初入文壇)
新蟲 (正式寫手)

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