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3'RACE測序結(jié)果求助 已有4人參與
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| 本人現(xiàn)在做3race，測序結(jié)果存在一種現(xiàn)象，不知各位大俠遇到過沒？在此求揭示！本人按照clontech的試劑盒做的結(jié)果，pcr，切膠回收，連接后轉(zhuǎn)化，挑單克隆跑pcr，檢查到目的條帶后每個基因送測10個菌。測序結(jié)果都是我要的基因，但是相同基因不同菌落的序列之間存在差異，即在靠近polyA處，序列長短不一，也就是說3’UTR序列長短不一，但是前提條件是短的序列測序結(jié)果也含有polyA。請問這是什么現(xiàn)象？如何選擇序列？ |
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看到別的帖子上是這么回復(fù)的，但是我是做過nest的測序結(jié)果，能介紹一下last exon alternative splicing么，謝謝。 3’RACE的一個主要錯配來源，就是oligodT不僅僅可以與polyA配對，還可以跟基因組中很多地方存在的一串A配對，而碰巧這段A上游與你的基因上游引物再有錯配，就可以產(chǎn)生條帶。 所以一般而言，這種3‘RACE需要再找一個上游引物下游一點點的，做一次nest PCR，檢測你的產(chǎn)物知否特異。 你的測序結(jié)果顯示你克隆的確實你關(guān)注的基因？ APA就是一個基因有多個polyA site的情況，其中很多時候并不改變CDS，但是如果是last exon alternative splicing的情況，就可以出現(xiàn)CDS不一樣的polyA site。 |
3樓2015-02-03 22:23:57
Neo2000
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2樓2015-02-03 18:37:59
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4樓2015-02-07 16:52:10
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5樓2017-05-08 16:48:19
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