 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1792 | 回復(fù): 2 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
申豈幾新蟲 (初入文壇)
|
[求助]
16S rDNA 測(cè)序結(jié)果比對(duì)及構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹問題 已有1人參與
|
|
|
GAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTGGAAGCAACGCGAAGACCCTTACCAGGTCTTGACATCTTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATTTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTTTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGTACAAAGAGCTGCAAGACCGCGAGGTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCACCATGCCCGGGTGAATACGTTCCCGGCCCTTGT 這是我的測(cè)序結(jié)果，在BLAST比對(duì)后，應(yīng)該怎么選？選相似性大的？選取后是不是保存下基因庫(kù)里的序列？是保存這個(gè)嗎？LOCUS KJ781866 1439 bp DNA linear BCT 30-APR-2015 DEFINITION Bacillus sp. B47 16S ribosomal RNA gene, partial sequence. ACCESSION KJ781866 VERSION KJ781866.1 GI:675396518 KEYWORDS . SOURCE Bacillus sp. B47 ORGANISM Bacillus sp. B47 Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group. REFERENCE 1 (bases 1 to 1439) AUTHORS Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J. TITLE Bacterial communities in heterogeneous niches timely move to a protective role for the larvae against the antagonistic fungal associates of Dendroctonus valens JOURNAL Unpublished REFERENCE 2 (bases 1 to 1439) AUTHORS Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (30-APR-2014) Chinese Academy of Sciences, Institute of Zoology, Beijing, China COMMENT ##Assembly-Data-START## Assembly Method :: Mega v. 5 Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 1..1439 /organism="Bacillus sp. B47" /mol_type="genomic DNA" /strain="B47" /isolation_source="invasive beetle" /host="Dendroctonus valens" /db_xref="taxon:1497179" /country="China" rRNA <1..>1439 /product="16S ribosomal RNA" ORIGIN 1 gcctaataca tgcaagtcga gcgaatggat taagagcttg ctcttatgaa gttagcggcg 61 gacgggtgag taacacgtgg gtaacctgcc cataagactg ggataactcc gggaaaccgg 121 ggctaatacc ggataacatt ttgaaccgca tggttcgaaa ttgaaaggcg gcttcggctg 181 tcacttatgg atggacccgc gtcgcattag ctagttggtg aggtaacggc tcaccaaggc 241 aacgatgcgt agccgacctg agagggtgat cggccacact gggactgaga cacggcccag 301 actcctacgg gaggcagcag tagggaatct tccgcaatgg acgaaagtct gacggagcaa 361 cgccgcgtga gtgatgaagg ctttcgggtc gtaaaactct gttgttaggg aagaacaagt 421 gctagttgaa taagctggca ccttgacggt acctaaccag aaagccacgg ctaactacgt 481 gccagcagcc gcggtaatac gtaggtggca agcgttatcc ggaattattg ggcgtaaagc 541 gcgcgcaggt ggtttcttaa gtctgatgtg aaagcccacg gctcaaccgt ggagggtcat 601 tggaaactgg gagacttgag tgcagaagag gaaagtggaa ttccatgtgt agcggtgaaa 661 tgcgtagaga tatggaggaa caccagtggc gaaggcgact ttctggtctg taactgacac 721 tgaggcgcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa 781 cgatgagtgc taagtgttag agggtttccg ccctttagtg ctgaagttaa cgcattaagc 841 actccgcctg gggagtacgg ccgcaaggct gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 901 caagcggtgg agcatgtggt ttaattggaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac 961 atcctctgac aaccctagag atagggcttc tccttcggga gcagagtgac aggtggtgca 1021 tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1081 tgattttagt tgccatcatt aagttgggca ctttaaggtg actgccggtg acaaaccgga 1141 ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga cctgggctac acacgtgcta 1201 caatggacgg tacaaagagc tgcaagaccg cgaggtggag ctaatctcat aaaaccgttc 1261 tcagttcgga ttgtaggctg caactcgcct acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcgg 1321 atcagcatgc cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga 1381 gagtttgtaa cacccgaagt cggtggggta accttttgga gccagccgcc taaggtggg 一共選15個(gè)左右相似的？選取原則是什么？保存的樣式是什么？ 然后 說(shuō) 1．打開“CLUSTAL”文件夾→點(diǎn)擊“CLUSTAL X”圖標(biāo)→點(diǎn)“File”菜單，選“Load sequences”，出現(xiàn)對(duì)話框→在“查找范圍”內(nèi)選擇記事本所在的硬盤，找到存有序列的記事本→再點(diǎn)擊對(duì)話框中的“打開”按鈕，出現(xiàn)一個(gè)有多重序列的界面→點(diǎn)“Alignment”下拉菜單，選“Do Complete Alignmen”，出現(xiàn)一個(gè)小對(duì)話框→點(diǎn)擊“ALIGN”按鈕，開始進(jìn)行序列比對(duì)，需等待一段時(shí)間。 二、請(qǐng)問有沒有 CLUSTAL 軟件的使用視頻？ 我是一個(gè)小白，希望高手賜教。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：實(shí)驗(yàn)器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：和實(shí)驗(yàn)材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有229人回復(fù)
-
蛋白質(zhì)檢測(cè)：精準(zhǔn)分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測(cè)：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測(cè)重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 16SrRNA測(cè)定完成后，如何看公司給的結(jié)果？如何構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- ITS序列通過Blast比對(duì)后的菌株如何確定其分類所屬
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 測(cè)序結(jié)果不好的序列能夠做系統(tǒng)發(fā)育樹嗎？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 細(xì)菌16S rDNA測(cè)序結(jié)果有了，如何建立系統(tǒng)發(fā)育樹啊，之前的貼子沒看懂。
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 不知道選怎樣的序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建，選多少？
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 求助 通過CLUSTAL軟件進(jìn)行多序列比對(duì)，利用MEGA4.0軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 細(xì)菌16S測(cè)序 詭異的現(xiàn)象
已經(jīng)有11人回復(fù)
- mega做出來(lái)的系統(tǒng)發(fā)育樹如下，求助是什么問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- DGGE序列建系統(tǒng)發(fā)育樹原序列和比對(duì)序列分離
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 對(duì)細(xì)菌進(jìn)行測(cè)序時(shí)，測(cè)的是16S rDNA還是16S rRNA
已經(jīng)有25人回復(fù)
- 有關(guān)構(gòu)建細(xì)菌發(fā)育樹的序列問題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 26s rDNA系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 同源性比對(duì)！�。�
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 求教 放線菌 16S rDNA 比對(duì)
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹時(shí)，最后發(fā)表使用哪棵樹？如何使用結(jié)果
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 菌株16S rDNA同源性分析方法��！
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 做16S rDNA鑒定時(shí)進(jìn)行同源性比較的方法！！
已經(jīng)有18人回復(fù)
- 【求助/交流】16S rDNA測(cè)序 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建 急�。�！
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助/交流】如何構(gòu)建系統(tǒng)更發(fā)育樹
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 【求助/交流】關(guān)于系統(tǒng)發(fā)育樹，如何鑒定菌種
已經(jīng)有12人回復(fù)
果汁123
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 16.4
- 帖子: 20
- 在線: 21.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 2580480
- 注冊(cè): 2013-08-04
- 專業(yè): 水產(chǎn)生物免疫學(xué)與病害控制
3樓2015-08-16 17:38:22
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +5 | lucky呀呀呀鴨 2026-03-20 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +16 | 于海海海海 2026-03-19 | 16/800 |
|
|
[考研] 085600材料與化工 +8 | 安全上岸！ 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | @taotao 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿南理工085701環(huán)境302求調(diào)劑院校 +3 | 葵梓衛(wèi)隊(duì) 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)]
學(xué)校已經(jīng)提交到NSFC，還能修改嗎？
 40+4
|
babangida 2026-03-19 | 8/400 |
|
|
|
[考博] 招收博士1-2人 +3 | QGZDSYS 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 286分人工智能專業(yè)請(qǐng)求調(diào)劑愿意跨考！ +3 | lemonzzn 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 081700化工學(xué)碩調(diào)劑 +3 | 【1】 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑 +11 | yangfz 2026-03-17 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 346求調(diào)劑[0856] +3 | WayneLim327 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué) 305求調(diào)劑 +4 | FY_yy 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑 +3 | 小材化本科 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理材料305分求調(diào)劑 +5 | 想上岸的鯉魚 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)071000 329分求調(diào)劑 +3 | 我愛生物生物愛?/a> 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專家開始管格式了 +4 | beefly 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 考研求調(diào)劑 +3 | 橘頌. 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0854控制工程 359求調(diào)劑 可跨專業(yè) +3 | 626776879 2026-03-14 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 中科大材料與化工319求調(diào)劑 +3 | 孟鑫材料 2026-03-14 | 3/150 |
|