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申豈幾新蟲 (初入文壇)
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[求助]
16S rDNA 測(cè)序結(jié)果比對(duì)及構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹問題 已有1人參與
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GAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTGGAAGCAACGCGAAGACCCTTACCAGGTCTTGACATCTTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATTTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTTTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGTACAAAGAGCTGCAAGACCGCGAGGTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCACCATGCCCGGGTGAATACGTTCCCGGCCCTTGT 這是我的測(cè)序結(jié)果，在BLAST比對(duì)后，應(yīng)該怎么選？選相似性大的？選取后是不是保存下基因庫里的序列？是保存這個(gè)嗎？LOCUS KJ781866 1439 bp DNA linear BCT 30-APR-2015 DEFINITION Bacillus sp. B47 16S ribosomal RNA gene, partial sequence. ACCESSION KJ781866 VERSION KJ781866.1 GI:675396518 KEYWORDS . SOURCE Bacillus sp. B47 ORGANISM Bacillus sp. B47 Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group. REFERENCE 1 (bases 1 to 1439) AUTHORS Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J. TITLE Bacterial communities in heterogeneous niches timely move to a protective role for the larvae against the antagonistic fungal associates of Dendroctonus valens JOURNAL Unpublished REFERENCE 2 (bases 1 to 1439) AUTHORS Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (30-APR-2014) Chinese Academy of Sciences, Institute of Zoology, Beijing, China COMMENT ##Assembly-Data-START## Assembly Method :: Mega v. 5 Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing ##Assembly-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 1..1439 /organism="Bacillus sp. B47" /mol_type="genomic DNA" /strain="B47" /isolation_source="invasive beetle" /host="Dendroctonus valens" /db_xref="taxon:1497179" /country="China" rRNA <1..>1439 /product="16S ribosomal RNA" ORIGIN 1 gcctaataca tgcaagtcga gcgaatggat taagagcttg ctcttatgaa gttagcggcg 61 gacgggtgag taacacgtgg gtaacctgcc cataagactg ggataactcc gggaaaccgg 121 ggctaatacc ggataacatt ttgaaccgca tggttcgaaa ttgaaaggcg gcttcggctg 181 tcacttatgg atggacccgc gtcgcattag ctagttggtg aggtaacggc tcaccaaggc 241 aacgatgcgt agccgacctg agagggtgat cggccacact gggactgaga cacggcccag 301 actcctacgg gaggcagcag tagggaatct tccgcaatgg acgaaagtct gacggagcaa 361 cgccgcgtga gtgatgaagg ctttcgggtc gtaaaactct gttgttaggg aagaacaagt 421 gctagttgaa taagctggca ccttgacggt acctaaccag aaagccacgg ctaactacgt 481 gccagcagcc gcggtaatac gtaggtggca agcgttatcc ggaattattg ggcgtaaagc 541 gcgcgcaggt ggtttcttaa gtctgatgtg aaagcccacg gctcaaccgt ggagggtcat 601 tggaaactgg gagacttgag tgcagaagag gaaagtggaa ttccatgtgt agcggtgaaa 661 tgcgtagaga tatggaggaa caccagtggc gaaggcgact ttctggtctg taactgacac 721 tgaggcgcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa 781 cgatgagtgc taagtgttag agggtttccg ccctttagtg ctgaagttaa cgcattaagc 841 actccgcctg gggagtacgg ccgcaaggct gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 901 caagcggtgg agcatgtggt ttaattggaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac 961 atcctctgac aaccctagag atagggcttc tccttcggga gcagagtgac aggtggtgca 1021 tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1081 tgattttagt tgccatcatt aagttgggca ctttaaggtg actgccggtg acaaaccgga 1141 ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga cctgggctac acacgtgcta 1201 caatggacgg tacaaagagc tgcaagaccg cgaggtggag ctaatctcat aaaaccgttc 1261 tcagttcgga ttgtaggctg caactcgcct acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcgg 1321 atcagcatgc cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga 1381 gagtttgtaa cacccgaagt cggtggggta accttttgga gccagccgcc taaggtggg 一共選15個(gè)左右相似的？選取原則是什么？保存的樣式是什么？ 然后 說 1．打開“CLUSTAL”文件夾→點(diǎn)擊“CLUSTAL X”圖標(biāo)→點(diǎn)“File”菜單，選“Load sequences”，出現(xiàn)對(duì)話框→在“查找范圍”內(nèi)選擇記事本所在的硬盤，找到存有序列的記事本→再點(diǎn)擊對(duì)話框中的“打開”按鈕，出現(xiàn)一個(gè)有多重序列的界面→點(diǎn)“Alignment”下拉菜單，選“Do Complete Alignmen”，出現(xiàn)一個(gè)小對(duì)話框→點(diǎn)擊“ALIGN”按鈕，開始進(jìn)行序列比對(duì)，需等待一段時(shí)間。 二、請(qǐng)問有沒有 CLUSTAL 軟件的使用視頻？ 我是一個(gè)小白，希望高手賜教。 |
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daniel1112
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3樓2015-08-16 17:38:22
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