[求助] 16S rDNA 測序結(jié)果比對及構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹問題已有1人參與

GAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTGGAAGCAACGCGAAGACCCTTACCAGGTCTTGACATCTTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATTTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTTTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGTACAAAGAGCTGCAAGACCGCGAGGTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCACCATGCCCGGGTGAATACGTTCCCGGCCCTTGT 這是我的測序結(jié)果，在BLAST比對后，應(yīng)該怎么選？選相似性大的？選取后是不是保存下基因庫里的序列？是保存這個嗎？LOCUS    KJ781866             1439 bp DNA    linear BCT 30-APR-2015
DEFINITION  Bacillus sp. B47 16S ribosomal RNA gene, partial sequence.
ACCESSION KJ781866
VERSION    KJ781866.1  GI:675396518
KEYWORDS .
SOURCE    Bacillus sp. B47
  ORGANISM  Bacillus sp. B47
         Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus;
         Bacillus cereus group.
REFERENCE 1  (bases 1 to 1439)
  AUTHORS Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J.
  TITLE    Bacterial communities in heterogeneous niches timely move to a
         protective role for the larvae against the antagonistic fungal
         associates of Dendroctonus valens
  JOURNAL Unpublished
REFERENCE 2  (bases 1 to 1439)
  AUTHORS Lou,Q., Lu,M., Cheng,C. and Sun,J.
  TITLE    Direct Submission
  JOURNAL Submitted (30-APR-2014) Chinese Academy of Sciences, Institute of
         Zoology, Beijing, China
COMMENT    ##Assembly-Data-START##
         Assembly Method    :: Mega v. 5
         Sequencing Technology :: Sanger dideoxy sequencing
         ##Assembly-Data-END##
FEATURES          Location/Qualifiers
   source       1..1439
                  /organism="Bacillus sp. B47"
                  /mol_type="genomic DNA"
                  /strain="B47"
                  /isolation_source="invasive beetle"
                  /host="Dendroctonus valens"
                  /db_xref="taxon:1497179"
                  /country="China"
   rRNA          <1..>1439
                  /product="16S ribosomal RNA"
ORIGIN
      1 gcctaataca tgcaagtcga gcgaatggat taagagcttg ctcttatgaa gttagcggcg
   61 gacgggtgag taacacgtgg gtaacctgcc cataagactg ggataactcc gggaaaccgg
   121 ggctaatacc ggataacatt ttgaaccgca tggttcgaaa ttgaaaggcg gcttcggctg
   181 tcacttatgg atggacccgc gtcgcattag ctagttggtg aggtaacggc tcaccaaggc
   241 aacgatgcgt agccgacctg agagggtgat cggccacact gggactgaga cacggcccag
   301 actcctacgg gaggcagcag tagggaatct tccgcaatgg acgaaagtct gacggagcaa
   361 cgccgcgtga gtgatgaagg ctttcgggtc gtaaaactct gttgttaggg aagaacaagt
   421 gctagttgaa taagctggca ccttgacggt acctaaccag aaagccacgg ctaactacgt
   481 gccagcagcc gcggtaatac gtaggtggca agcgttatcc ggaattattg ggcgtaaagc
   541 gcgcgcaggt ggtttcttaa gtctgatgtg aaagcccacg gctcaaccgt ggagggtcat
   601 tggaaactgg gagacttgag tgcagaagag gaaagtggaa ttccatgtgt agcggtgaaa
   661 tgcgtagaga tatggaggaa caccagtggc gaaggcgact ttctggtctg taactgacac
   721 tgaggcgcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa
   781 cgatgagtgc taagtgttag agggtttccg ccctttagtg ctgaagttaa cgcattaagc
   841 actccgcctg gggagtacgg ccgcaaggct gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca
   901 caagcggtgg agcatgtggt ttaattggaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac
   961 atcctctgac aaccctagag atagggcttc tccttcggga gcagagtgac aggtggtgca
   1021 tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct
   1081 tgattttagt tgccatcatt aagttgggca ctttaaggtg actgccggtg acaaaccgga
   1141 ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga cctgggctac acacgtgcta
   1201 caatggacgg tacaaagagc tgcaagaccg cgaggtggag ctaatctcat aaaaccgttc
   1261 tcagttcgga ttgtaggctg caactcgcct acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcgg
   1321 atcagcatgc cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga
   1381 gagtttgtaa cacccgaagt cggtggggta accttttgga gccagccgcc taaggtggg
一共選15個左右相似的？選取原則是什么？保存的樣式是什么？
然后說 1．打開“CLUSTAL”文件夾→點(diǎn)擊“CLUSTAL X”圖標(biāo)→點(diǎn)“File”菜單，選“Load sequences”，出現(xiàn)對話框→在“查找范圍”內(nèi)選擇記事本所在的硬盤，找到存有序列的記事本→再點(diǎn)擊對話框中的“打開”按鈕，出現(xiàn)一個有多重序列的界面→點(diǎn)“Alignment”下拉菜單，選“Do Complete Alignmen”，出現(xiàn)一個小對話框→點(diǎn)擊“ALIGN”按鈕，開始進(jìn)行序列比對，需等待一段時間。
二、請問有沒有  CLUSTAL 軟件的使用視頻？
我是一個小白，希望高手賜教。

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1樓 2015-05-12 21:54:09

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daniel1112

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2樓2015-05-13 00:03:48

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果汁123

新蟲 (初入文壇)

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【答案】應(yīng)助回帖

可以去NCBI去下載相近的物種的16SDNA，然后就可以放在MEGA里面建進(jìn)化樹了

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3樓2015-08-16 17:38:22

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