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關(guān)于核酸和蛋白質(zhì)對接的疑問
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剛開始接觸分子對接的內(nèi)容，小白一枚。想請教一下各位如果要進行ssDNA或者RNA與蛋白質(zhì)分子的對接需要怎樣進行？我的思路是這樣的，首先，是對我的配體-核酸進行三維模型的建立，然后選擇含我需要的對接位點的已知蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)選擇合適的軟件進行對接。我遇見的問題如下： 1、核酸的三維模型預(yù)測軟件的選擇，現(xiàn)在使用的是MC-FOLD的web sever ，但是每次得到的結(jié)果一般為20×1000，結(jié)構(gòu)的數(shù)目非常龐大，怎樣進行選擇，怎樣判斷模型的正確性？ 2、對接軟件使用的是Hex，對接速度還是很快的，同樣出現(xiàn)最大的問題是不會對結(jié)果進行分析，Hex無法識別蛋白質(zhì)中的小分子，這個問題該怎么解決？ 3、大部分的軟件都是英文的教程，大家有沒有什么學(xué)習(xí)心得，英文水平一般，確實搞不定一大片一大片生詞的軟件說明書。 謝謝大家~ |
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