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haiyanqian木蟲 (小有名氣)
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[求助]
Surflex-Dock問題 已有2人參與
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我現(xiàn)在有40個小分子，因為我們沒有購買GOLD，所以我想通過Surflex-Dock實現(xiàn)這40個小分子與已知蛋白的對接。之前沒有學習過這個，最近學習過程中有些問題，想跟您請教一下。 （1）在準備蛋白的時候，首先提取出配體，并且刪除水分子等；之后做 Analyze Selected Structure，見附件1： 這里字體凸顯的是不是都需要做？ 在Add Charges 的時候Biopolymer 一般用什么力場，Ligands一般用什么力場比較好？ 這邊跟后面Staged Minimization中的Set Minimization Details部分Minimize部分Modify中的力場是否需要一致？ （2）準備配體，見附件2： Constraints 一般在什么情況下需要設置這個參數(shù)？ Ligand Source 需要SLN File，這邊我將在sybyl中畫完的40個分子的.mol2文件直接在sybyl中另存為SLN格式是否可以？ （3）Perform CScore Calculations 是不是勾選上做Docking結(jié)果更加準確些呢？ 附件1.png 附件2.png |
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2樓2013-12-14 13:55:25
wbingxin2012
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| 附件一中左邊那一排除了第一個都要走一下，具體代表什么意思你自己查一下，優(yōu)化蛋白質(zhì)核酸一般用AMBER力場，小分子的話tripos就可以了，Constraints是限制性對接選項，只有你確定了某一種作用很必須的時候會用到。SLN是分子表單可以放置大量的小分子來批處理，也可以選擇mol2單個小分子進行對接，如果你有40個小分子最好存成分子表單對接完成后也有個對比。SCORE是一致性打分函數(shù)，五種打分函數(shù)共同評價對接結(jié)果 |
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haiyanqian3樓2013-12-18 15:04:47
haiyanqian
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4樓2013-12-24 10:37:30
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5樓2014-01-23 22:46:14
yilanding
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我做了肽酰轉(zhuǎn)移酶的與截短側(cè)耳素一個衍生物對接，對肽酰轉(zhuǎn)移酶預處理時其配體是RNA用不用移除？下載時蛋白質(zhì)有一個配體是泰妙菌素（截短側(cè)耳素的一種），用不用去除？其需要Repair backbone用時間長，是否要處理？謝謝 [ 發(fā)自手機版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
6樓2014-02-19 08:38:02
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