 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2335 | 回復(fù): 8 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
haiyanqian木蟲 (小有名氣)
|
[求助]
Surflex-Dock問題 已有2人參與
|
|
|
我現(xiàn)在有40個小分子，因為我們沒有購買GOLD，所以我想通過Surflex-Dock實現(xiàn)這40個小分子與已知蛋白的對接。之前沒有學(xué)習(xí)過這個，最近學(xué)習(xí)過程中有些問題，想跟您請教一下。 （1）在準(zhǔn)備蛋白的時候，首先提取出配體，并且刪除水分子等；之后做 Analyze Selected Structure，見附件1： 這里字體凸顯的是不是都需要做？ 在Add Charges 的時候Biopolymer 一般用什么力場，Ligands一般用什么力場比較好？ 這邊跟后面Staged Minimization中的Set Minimization Details部分Minimize部分Modify中的力場是否需要一致？ （2）準(zhǔn)備配體，見附件2： Constraints 一般在什么情況下需要設(shè)置這個參數(shù)？ Ligand Source 需要SLN File，這邊我將在sybyl中畫完的40個分子的.mol2文件直接在sybyl中另存為SLN格式是否可以？ （3）Perform CScore Calculations 是不是勾選上做Docking結(jié)果更加準(zhǔn)確些呢？ 附件1.png 附件2.png |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
一志愿華東師范大學(xué)有機(jī)化學(xué)專業(yè)，初試351分，復(fù)試被刷求調(diào)劑!
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
298求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料學(xué)碩333求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
0856求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
356求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
332求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
348求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
305求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)材料與化工（085600）296求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
調(diào)劑310
已經(jīng)有9人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- Autodock對接構(gòu)象準(zhǔn)確性的評價——RMSD
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 初學(xué)者求助-分子對接 問題
已經(jīng)有15人回復(fù)
- AutoDock大分子問題
已經(jīng)有11人回復(fù)
- sybyl中怎樣還原原復(fù)合物配體藥效構(gòu)象
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 分子對接前，大分子的前處理
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 請教各位有關(guān)分子對接的問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 蛋白的同源建模
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 請教大牛神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的過擬合問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 求助sybyl關(guān)于添加形式電荷的問題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- ds中的分子優(yōu)化
已經(jīng)有5人回復(fù)
- surflex-dock對接問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 分子對接及打分函數(shù)
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 從國外買回的真菌擬青霉怎么活化
已經(jīng)有3人回復(fù)
- sybyl中的配體提取和準(zhǔn)備問題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 關(guān)于分子對接問題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- Sybyl中minimize 問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】分子對接請教
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【討論】分子模擬還是同源建模
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 【求助】surflex-dock問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【討論】關(guān)于共價結(jié)合做對接的問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【討論】分子對接的基本問題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】linux下autodock安裝不成功
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【在線答疑】UCSF DOCK分子對接和虛擬篩選
已經(jīng)有42人回復(fù)
- 【求助】分子對接出錯
已經(jīng)有6人回復(fù)
wbingxin2012
銀蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 23 (小學(xué)生)
- 金幣: 319.3
- 紅花: 12
- 帖子: 123
- 在線: 49.4小時
- 蟲號: 2425739
- 注冊: 2013-04-19
- 性別: GG
- 專業(yè): 質(zhì)譜分析
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
月只藍(lán): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-19 12:33:04
haiyanqian(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵交流！ 2014-05-31 21:30:55
月只藍(lán): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2013-12-19 12:33:04
haiyanqian(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵交流！ 2014-05-31 21:30:55
| 附件一中左邊那一排除了第一個都要走一下，具體代表什么意思你自己查一下，優(yōu)化蛋白質(zhì)核酸一般用AMBER力場，小分子的話tripos就可以了，Constraints是限制性對接選項，只有你確定了某一種作用很必須的時候會用到。SLN是分子表單可以放置大量的小分子來批處理，也可以選擇mol2單個小分子進(jìn)行對接，如果你有40個小分子最好存成分子表單對接完成后也有個對比。SCORE是一致性打分函數(shù)，五種打分函數(shù)共同評價對接結(jié)果 |
haiyanqian3樓2013-12-18 15:04:47
2樓2013-12-14 13:55:25
haiyanqian
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2263
- 紅花: 1
- 帖子: 93
- 在線: 39.9小時
- 蟲號: 1347498
- 注冊: 2011-07-16
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
4樓2013-12-24 10:37:30
|
ok [ 發(fā)自小木蟲客戶端 ] |
5樓2014-01-23 22:46:14
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 309求調(diào)劑 +6 | 誰不是少年 2026-03-29 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 調(diào)劑考研 +3 | 王杰一 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 330分求調(diào)劑 +5 | qzenlc 2026-03-29 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 070305高分子化學(xué)與物理 304分求調(diào)劑 +7 | c297914 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 各位老師好，我的一志愿為北京科技大學(xué)085601材料專碩 +7 | Koxui 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿太原理工安全工程300分，求調(diào)劑 +5 | 0857求調(diào)劑. 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085600，材料與化工321分求調(diào)劑 +9 | 大饞小子 2026-03-28 | 9/450 |
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +9 | lin0039 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑一志愿哈工大324 +7 | 閆旭東 2026-03-28 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +14 | 鵝鵝鵝額額額額?/a> 2026-03-25 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +10 | 呼呼？~+123456 2026-03-24 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)一志愿南京師范大學(xué)303求調(diào)劑 +3 | zzffylgg 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +7 | prayer13 2026-03-23 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 281求調(diào)劑 +3 | 亞克西good 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料考研求調(diào)劑 +3 | Dendel 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +17 | 碩星赴 2026-03-23 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 347求調(diào)劑 +4 | L when 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 李李不服輸 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 086003食品工程求調(diào)劑 +6 | 淼淼111 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境，總分308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-23 | 8/400 |
|