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haiyanqian木蟲 (小有名氣)
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[求助]
Surflex-Dock問題 已有2人參與
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我現(xiàn)在有40個(gè)小分子，因?yàn)槲覀儧]有購買GOLD，所以我想通過Surflex-Dock實(shí)現(xiàn)這40個(gè)小分子與已知蛋白的對(duì)接。之前沒有學(xué)習(xí)過這個(gè)，最近學(xué)習(xí)過程中有些問題，想跟您請教一下。 （1）在準(zhǔn)備蛋白的時(shí)候，首先提取出配體，并且刪除水分子等；之后做 Analyze Selected Structure，見附件1： 這里字體凸顯的是不是都需要做？ 在Add Charges 的時(shí)候Biopolymer 一般用什么力場，Ligands一般用什么力場比較好？ 這邊跟后面Staged Minimization中的Set Minimization Details部分Minimize部分Modify中的力場是否需要一致？ （2）準(zhǔn)備配體，見附件2： Constraints 一般在什么情況下需要設(shè)置這個(gè)參數(shù)？ Ligand Source 需要SLN File，這邊我將在sybyl中畫完的40個(gè)分子的.mol2文件直接在sybyl中另存為SLN格式是否可以？ （3）Perform CScore Calculations 是不是勾選上做Docking結(jié)果更加準(zhǔn)確些呢？ 附件1.png 附件2.png |
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2樓2013-12-14 13:55:25
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| 附件一中左邊那一排除了第一個(gè)都要走一下，具體代表什么意思你自己查一下，優(yōu)化蛋白質(zhì)核酸一般用AMBER力場，小分子的話tripos就可以了，Constraints是限制性對(duì)接選項(xiàng)，只有你確定了某一種作用很必須的時(shí)候會(huì)用到。SLN是分子表單可以放置大量的小分子來批處理，也可以選擇mol2單個(gè)小分子進(jìn)行對(duì)接，如果你有40個(gè)小分子最好存成分子表單對(duì)接完成后也有個(gè)對(duì)比。SCORE是一致性打分函數(shù)，五種打分函數(shù)共同評(píng)價(jià)對(duì)接結(jié)果 |
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haiyanqian3樓2013-12-18 15:04:47
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4樓2013-12-24 10:37:30
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5樓2014-01-23 22:46:14
yilanding
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我做了肽酰轉(zhuǎn)移酶的與截短側(cè)耳素一個(gè)衍生物對(duì)接，對(duì)肽酰轉(zhuǎn)移酶預(yù)處理時(shí)其配體是RNA用不用移除？下載時(shí)蛋白質(zhì)有一個(gè)配體是泰妙菌素（截短側(cè)耳素的一種），用不用去除？其需要Repair backbone用時(shí)間長，是否要處理？謝謝 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
6樓2014-02-19 08:38:02
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