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amq7392鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[交流]
【求助/交流】請(qǐng)教blast結(jié)果的解讀 已有6人參與
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| 將細(xì)菌16S rDNA序列提交到GenBank進(jìn)行比對(duì)，得到的比對(duì)結(jié)果中，有Max score, total score, Max ident等幾項(xiàng)，請(qǐng)問(wèn)哪項(xiàng)指標(biāo)代表序列最相似？因?yàn)槲野l(fā)現(xiàn)有時(shí)候score最大者其max ident卻不是最大。 |
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scelab(金幣+3):謝謝交流！:tiger06: 2010-10-07 23:24:30
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我記得total score是該條比對(duì)結(jié)果與query的總符合的比例，例如94%意為query序列中總共有94%的序列與該結(jié)果能對(duì)應(yīng)。 Max score是最大的一段能與結(jié)果對(duì)應(yīng)的序列占query的比例。 Max ident是query能與該條比對(duì)結(jié)果對(duì)應(yīng)的序列中出現(xiàn)的最高的一致度。 score大的比對(duì)結(jié)果不見得Max ident就最大，這很正常。一般兩者都高的結(jié)果就最接近于真實(shí) |
2樓2010-10-07 23:09:53
Ran2010
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dhd997(金幣+3):新蟲鼓勵(lì)交流。 2010-10-19 08:34:13
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identity代表完全相同的位點(diǎn)個(gè)數(shù) positive代表在BLOSUM62（BLAST默認(rèn)）得分算法下，得分為正的位點(diǎn)個(gè)數(shù)（樓主是測(cè)dna應(yīng)該是ident=positive吧？） score是系統(tǒng)自帶的算法，比較復(fù)雜。。 MAX score是seed擴(kuò)展過(guò)程中的最大得分，total是最后得分 一般看ident就可以啦 |
3樓2010-10-19 07:25:22
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5樓2010-10-19 08:30:30
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dhd997(金幣+1):謝謝交流。 2010-10-31 13:52:06
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請(qǐng)問(wèn)這些值應(yīng)該優(yōu)先考慮哪個(gè)呢? 如果都相同怎么選 那么多值都是一樣的 但卻不是一個(gè)屬 另外還有一種情況 total score query E值 Max ident 337 96% 2e-89 98% 2316 96% 8e-88 97% 這兩種情況應(yīng)該怎么選呢 ？ 有沒(méi)有高人指點(diǎn) 很迷茫 另外還有提交NCBI獲取登錄號(hào) 具體操作 |
6樓2010-10-31 12:06:12
tkfg
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7樓2015-05-24 00:23:56
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