 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1545 | 回復(fù): 7 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
corner_g新蟲 (初入文壇)
|
[交流]
PCR測(cè)序后產(chǎn)生的SNP是否是基因的真實(shí)存在的SNP？ 已有2人參與
|
||
|
各位大神好 背景： 1. 正在擴(kuò)增一個(gè)基因，有文獻(xiàn)顯示該基因在其他物種中為單一拷貝。 2. 正在研究的這個(gè)物種相關(guān)研究背景不多，材料的倍型目前不容易確定（但是可以確定所有材料）。 問題： 目前該基因的cDNA序列已經(jīng)通過RACE拿到，基因組序列也通過根據(jù)cDNA序列設(shè)計(jì)的引物分別拿到全長(zhǎng)并完成了拼接，并且在兩端做了步移，也都得到了結(jié)果（在基因組序列拼接和步移的時(shí)候都有較長(zhǎng)的overlap）。 但是根據(jù)結(jié)果來看cDNA序列與基因組序列之間SNP較多，基因組每次擴(kuò)增結(jié)果建克隆測(cè)序克隆之間的SNP也比較多（約0.5~2%），使用的酶是takara的LA taq，目前由于無法確定這些SNP中哪些是PCR出的錯(cuò)誤，哪些是測(cè)序的錯(cuò)誤（峰圖都還可以），哪些是真正的SNP。 5端步移結(jié)果顯示出有兩套不同的上游調(diào)控序列，但是都跟RACE結(jié)果不同（RACE結(jié)果只到ATG上游大概70bp左右，已經(jīng)去掉RACE隨機(jī)引物序列）。 所以請(qǐng)問，如何確定這些SNP是不是基因不同拷貝造成的？如何知道拷貝數(shù)并且知道相關(guān)基因序列呢？ 希望有經(jīng)驗(yàn)的大蝦不吝賜教。謝謝。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：實(shí)驗(yàn)器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：和實(shí)驗(yàn)材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有299人回復(fù)
-
蛋白質(zhì)檢測(cè)：精準(zhǔn)分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測(cè)：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測(cè)重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- tagSNP到底怎么代表一個(gè)基因上的所有SNP的，求指教。。
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 載體構(gòu)建，測(cè)序結(jié)果顯示目的基因全突變，克隆入T載體，菌液PCR全是假陽性
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 一個(gè)基因做TA克隆后送去測(cè)序，不同的單克隆后來結(jié)果不一致，1500bp里有的11個(gè)堿基不同
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 請(qǐng)問下純合子，雜合子和SNP的概念
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 測(cè)序結(jié)果與NCBI有差別，求解釋！
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 對(duì)SNP和Toxicogenomics關(guān)系的理解有些疑惑，希望交流一下
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 公司返回DNA雙向測(cè)序結(jié)果要怎么分析
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 怎樣從基因組測(cè)序及重測(cè)訓(xùn)序列比對(duì)找出突變位置
已經(jīng)有5人回復(fù)
- pcr測(cè)序結(jié)果分析
已經(jīng)有15人回復(fù)
- 測(cè)序結(jié)果出現(xiàn)單堿基的重疊峰
已經(jīng)有6人回復(fù)
- SNP和genotype之間到底是什么關(guān)系
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 關(guān)于SNP測(cè)定中位點(diǎn)的概念，新手問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 克隆基因，挑克隆拿去測(cè)序，好多點(diǎn)突怎么辦！？
已經(jīng)有21人回復(fù)
- SNP與點(diǎn)突變有何區(qū)別？求高人指導(dǎo)
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 構(gòu)建載體，目的基因容易發(fā)生SNP，但是699bp有10個(gè)之多，是不是有問題，太多了吧？
已經(jīng)有22人回復(fù)
- 幫忙看一下一個(gè)有關(guān)SNP的測(cè)序結(jié)果圖！
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 求助 高通量測(cè)序
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 基因組上snp位點(diǎn)分布的隨機(jī)性如何檢驗(yàn)？
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助/交流】引物特異性PCR（SSP-PCR）檢測(cè)SNP，是不是容易出現(xiàn)雜帶呀
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于SNP位點(diǎn)
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助/交流】測(cè)序出現(xiàn)重疊峰是怎么回事？
已經(jīng)有14人回復(fù)
corner_g
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1.5
- 帖子: 12
- 在線: 2.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 2451982
- 注冊(cè): 2013-05-07
- 專業(yè): 生物物理、生物化學(xué)與分子
5樓2015-05-28 07:43:33
corner_g
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1.5
- 帖子: 12
- 在線: 2.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 2451982
- 注冊(cè): 2013-05-07
- 專業(yè): 生物物理、生物化學(xué)與分子
2樓2015-05-25 14:19:31
luwei13566
木蟲 (正式寫手)
- MolEPI: 3
- 應(yīng)助: 184 (高中生)
- 金幣: 4351.4
- 散金: 97
- 紅花: 35
- 帖子: 641
- 在線: 261.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 2380655
- 注冊(cè): 2013-03-27
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物生理與生物化學(xué)
★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
kx444555: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2015-05-28 08:31:27
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
kx444555: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2015-05-28 08:31:27
|
LZ你現(xiàn)在目的基因的cDNA和DNA全長(zhǎng)序列都已經(jīng)得到測(cè)序了，而且你無論是擴(kuò)cDNA還是DNA所用的酶都是LA Taq？ 盡管其他文獻(xiàn)里說該基因在其他物種是單拷貝，但是你還是得證明該基因是否是多拷貝，排除這個(gè)因素后基本可以定性是PCR的問題了。 1.多拷貝可用northern blot驗(yàn)證。 2.你用的這個(gè)酶我用過，說實(shí)話保真度并不高，如果你克隆的基因還比較長(zhǎng)，而且擴(kuò)增循環(huán)數(shù)過多的話可能性更大。 如果你的SNP在序列中間比較多，個(gè)人認(rèn)為是PCR保真度不高所導(dǎo)致的，特別是你說克隆之間的測(cè)序結(jié)果都不一樣，這說明你的PCR后期的循環(huán)已經(jīng)出現(xiàn)了不少的突變，才導(dǎo)致后期涂板長(zhǎng)出的單克隆測(cè)序結(jié)果都不一樣，建議優(yōu)化一下PCR的條件，或者選取高保真酶擴(kuò)增之后再加A做TA克隆。 |
3樓2015-05-26 22:12:27
4樓2015-05-27 12:47:39
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 工科材料085601 279求調(diào)劑 +8 | 困于星晨 2026-03-17 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 081700 調(diào)劑 267分 +4 | 迷人的哈哈 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +5 | 孅華 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 070300，一志愿北航320求調(diào)劑 +3 | Jerry0216 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
 一志愿東華大學(xué)化學(xué)070300，求調(diào)劑
+7
|
2117205181 2026-03-21 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0854電子信息求調(diào)劑 +3 | α____ 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +4 | plum李子 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[考博] 招收博士1-2人 +3 | QGZDSYS 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 280求調(diào)劑 +11 | 咕嚕曉曉 2026-03-18 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +3 | 余意卿 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +5 | shxchem 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 22 350 本科985求調(diào)劑，求老登收留 +3 | 李軼男003 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 083200學(xué)碩321分一志愿暨南大學(xué)求調(diào)劑 +3 | innocenceF 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑求學(xué)校推薦 +3 | 伯樂29 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑一志愿南京航空航天大學(xué)289分 +3 | @taotao 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 295材料求調(diào)劑，一志愿武漢理工085601專碩 +5 | Charlieyq 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +5 | @taotao 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 353求調(diào)劑 +3 | 拉鉤不許變 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)調(diào)劑招人！��！ +3 | 山海天嵐 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] [導(dǎo)師推薦]西南科技大學(xué)國(guó)防/材料導(dǎo)師推薦 +3 | 尖角小荷 2026-03-16 | 6/300 |
|