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Ever希夷新蟲(chóng) (初入文壇)
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請(qǐng)問(wèn)大片段怎么擴(kuò) 已有9人參與
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| 構(gòu)建好了質(zhì)粒,但是目的片段將近8000bp,這種大片段用LA taq酶一直擴(kuò)不出來(lái),請(qǐng)問(wèn)怎么辦? |
核酸生物學(xué)實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn) | Vectors contribution |
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長(zhǎng)片段PC不同于一般PCR的特殊要求: 1.用Taq-LA DNA聚合酶,該酶是Taq酶或Klentaq 1(無(wú)糾錯(cuò)功能)與pfu酶或Deep Vent酶(有糾錯(cuò)功能)的混合物,以Taq酶為主。 2.當(dāng)需要擴(kuò)增的片段大于20kd時(shí),需要加入高濃度的甜茶堿(終濃度為1.5-2.0mol/L),提高PCR的效率,但是甜茶堿加入后,要將擴(kuò)增反應(yīng)的溫度降低2-3度。樓主的擴(kuò)增片段還到不了2020kd,甜茶堿可以少加點(diǎn)。 3.適當(dāng)升高鎂離子濃度,不要太高了鎂離子濃度高于底物dNTP濃度即可。 4.變性時(shí)間要短,尤其是一般不超過(guò)30 s,尤其是模板長(zhǎng)度超過(guò)8KD時(shí)更是如此,變性時(shí)間長(zhǎng)會(huì)破壞模板。 5.延伸溫度可以下降為68攝氏度,同時(shí)加長(zhǎng)延伸反應(yīng)時(shí)間,長(zhǎng)度為3-5kd的模板延伸反應(yīng)時(shí)間為5-10分鐘,長(zhǎng)度為20-35kd的模板延伸反應(yīng)時(shí)間為20分鐘,樓主的PCR的延伸反應(yīng)時(shí)間可能為12-16分鐘左右。 6.模板濃度最好在1ng/L以內(nèi)。 7.應(yīng)用長(zhǎng)片段PCR緩沖溶液。10X長(zhǎng)片段PCR緩沖溶液組成為:500 mmol/L Tris-Cl(pH=9.0),160 mmol/L硫酸銨,25 mmol/L MgCl2,1.5mmol/L BSA。 8.設(shè)計(jì)較長(zhǎng)的PCR引物(25-30 bp) |
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鐵蟲(chóng) (初入文壇)
| 不管怎么樣,先根據(jù)GC content stucture 先把引物設(shè)計(jì)好,設(shè)計(jì)引物是最為關(guān)鍵的,現(xiàn)在世面上買(mǎi)的酶純度都很高,加上配套的buffer mix 或者buffer 鎂離子,效率都很高,建議分成2kb左右的小片段,錯(cuò)配率會(huì)降低很多,最后再將片段整合在一起,這樣堿基的缺失率就會(huì)降低,后續(xù)的定點(diǎn)突變也沒(méi)那么麻煩 |
新蟲(chóng) (初入文壇)
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