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zhangmao511鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
請教使用本地Blast的一個問題，謝謝！ 已有3人參與
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我從NCBI上下載了blast軟件，想使用本地的blast進行大量的蛋白序列比對。但是從NCBI上下載NR庫，NR庫實在太大了，而且每天都會更新。所以，我想能不能使用在線的NCBI的NR庫，然后用本地的blast軟件進行大量的蛋白序列比對。我知道Bioedit有這個功能--"NCBI blast over the internet",也就是在線利用NCBI的庫，但是不知道如何實現(xiàn)（或者說命令怎么寫），在這里請教各位了，謝謝�。。�！ |
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liuderong
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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本地blast需要需要本地的database，好像沒有利用網(wǎng)絡(luò)database的指令。你的情況最好是用bioperl，里頭有blast功能，你到網(wǎng)上搜一下就可以看到好多例子。不過bioperl要自己寫代碼。 下面是幾個網(wǎng)站，你看一下。 http://yunbio.com/question/49 http://bbs.bbioo.com/thread-180345-1-1.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_4da55fbd01019gtp.html |
2樓2015-03-15 17:44:18
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6樓2016-10-26 18:01:34
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7樓2016-10-27 07:52:02
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